典型文献
Limosilactobacillus fermentum F-6的遗传背景和功能基因组
文献摘要：
[目的]Limosilactobacillus fermentum具有增强免疫力、产胞外多糖(exopolysaccharide,EPS)等多种功能特性,广泛应用于食品领域,具有较高经济价值.本文从群体遗传学角度,解析L.fermentum F-6的遗传背景和功能基因特征,为其开发利用提供遗传学基础.[方法]本研究对NCBI已公开的23株L.fermentum全基因组序列和1株模式菌株ATCC 14931T的基因组序列进行比较基因组学分析.利用Roary软件识别核心基因集与泛基因集;采用rapid annotation using subsystem technology(RAST)网站对基因组进行功能注释,以探究F-6基因组特征.[结果]以识别到的997个核心基因构建系统发育树,发现聚类趋势与分离源无关,但F-6与3株食品分离株聚在同一分支.功能注释分析发现,24株L.fermentum中仅F-6含有参与支链氨基酸合成途径的基因(ilvD、leuA等),可为机体提供必需氨基酸.F-6含有大量编码糖基转移酶和UDP-葡萄糖4-表异构酶的基因,且含有1个完整的eps基因簇.与其他L.fermentum相比,F-6携带的特有功能基因gadC与菌株耐酸能力有关.此外,F-6具有与谷胱甘肽、抗菌肽和黏附分子合成相关的功能基因.[结论]本文从全基因组水平解析L.fermentum F-6遗传背景和功能基因特征,认为其是一株具有耐酸基因、支链氨基酸合成基因和完整eps基因簇的潜在益生菌株,为其应用研究提供了必要的理论依据.
文献关键词：
Limosilactobacillus fermentum F-6;比较基因组学;遗传背景;功能基因;eps基因簇
中图分类号：
作者姓名：
吴琼;李伟程;李敏;李瑜;孙天松
作者机构：
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,农业部奶制品加工重点实验室,内蒙古乳品生物技术与工程重点实验室,内蒙古呼和浩特010018
文献出处：
引用格式：
[1]吴琼;李伟程;李敏;李瑜;孙天松-.Limosilactobacillus fermentum F-6的遗传背景和功能基因组)[J].微生物学报,2022(04):1438-1451
A类：
14931T,Roary,ilvD,leuA,gadC
B类：
Limosilactobacillus,fermentum,遗传背景,功能基因组,增强免疫力,胞外多糖,exopolysaccharide,EPS,多种功能,功能特性,食品领域,群体遗传学,基因特征,NCBI,全基因组序列,ATCC,比较基因组学分析,软件识别,核心基因,rapid,annotation,using,subsystem,technology,RAST,功能注释,基因组特征,建系,系统发育树,分离株,支链氨基酸,氨基酸合成,合成途径,必需氨基酸,糖基转移酶,UDP,异构酶,eps,基因簇,有功,耐酸,谷胱甘肽,抗菌肽,黏附分子,一株,益生菌
AB值：
0.323876
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