典型文献
大肠埃希氏菌噬菌体Bp38全基因组测序及生物信息学分析
文献摘要：
为了解命名为Bp38的裂解性大肠埃希氏菌噬菌体的遗传背景及基因功能,对其进行全基因组测序和拼接,并采用EditSeq、tRNAscan-SE、tRNAdb、ORF finder、SnapGene、MEGA和Datamonkey等软件对其基因组的基本特性、功能基因预测及注释、遗传进化关系及溶菌酶基因的选择压力进行生物信息学分析.结果表明,噬菌体Bp38基因组全长170004 bp,核酸类型为dsDNA,平均G+C含量为37.60％,有140个功能基因,根据预测的功能可将其分为裂解模块、DNA包装模块、结构组成模块、假性蛋白模块和核酸复制与调控模块,有2个tRNA,分别转运精氨酸(Arg)和蛋氨酸(Met);以末端酶大亚基核酸序列构建系统进化树,分析出Bp38为有尾噬菌体目、肌尾噬菌体科、Tevenvirinae亚科、Mosigvirus属;Bp38溶菌酶基因的选择压力分析结果显示,其共有173个氨基酸位点,其中有2个正向选择位点、10个负向选择位点,分析后可知其溶菌酶基因既受外界环境选择压力的影响,又受自身进化压力的影响,且自身进化压力强于外界环境选择压力.研究结果阐明了大肠埃希氏菌噬菌体Bp38的分子特征,为进一步利用该噬菌体提供了理论依据.
文献关键词：
大肠埃希氏菌噬菌体;基因组;末端酶大亚基;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
史玉青;赵尊福;阳亭亭;文永平;张焕容
作者机构：
西南民族大学畜牧兽医学院,四川成都 610041
文献出处：
引用格式：
[1]史玉青;赵尊福;阳亭亭;文永平;张焕容-.大肠埃希氏菌噬菌体Bp38全基因组测序及生物信息学分析)[J].动物医学进展,2022(06):22-26
A类：
大肠埃希氏菌噬菌体,Bp38,EditSeq,tRNAdb,末端酶,末端酶大亚基,Tevenvirinae,Mosigvirus
B类：
全基因组测序,生物信息学分析,遗传背景,基因功能,拼接,tRNAscan,SE,ORF,finder,SnapGene,MEGA,Datamonkey,基本特性,功能基因预测,遗传进化,进化关系,溶菌酶,酶基因,选择压力,基因组全长,bp,核酸类,dsDNA,G+C,据预测,解模,结构组成,成模,假性,白模,精氨酸,Arg,蛋氨酸,Met,建系,系统进化树,肌尾噬菌体科,亚科,压力分析,氨基酸位点,正向选择位点,负向选择,外界环境,环境选择,分子特征
AB值：
0.281585
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