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利普斯他汀高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA的全基因组测序与分析
文献摘要：
目的 解析利普斯他汀(lipstatin)高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA(S.toxytricini AP617-N12CA)的基因组序列信息,为深入研究该菌株高产lipstatin的分子机理与调控机制奠定基础.方法 联合应用三代单分子测序技术和二代高通量测序技术对AP617-N 12CA菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行进基因组组装、基因预测和功能注释,并对lipstatin及其他次级代谢产物生物合成基因簇进行分析预测.结果 AP617-N12CA菌株整个基因组大约6.99Mb,GC含量73.76％,含有6134个编码序列;基因组由一条长约6.38Mb的线型染色体和一个长约0.61Mb的线型质粒组成;同时预测得到22个次级代谢产物合成基因簇,其中lipstatin基因簇定位在线型质粒右臂区域而非在染色体上.结论 首次完成了AP617-N12CA菌株全基因组完成图绘制,在S.toxytricini菌中首次发现和描述了线型质粒,在线型质粒上定位并鉴定分析了lipstatin基因簇.为S.toxytricini的功能基因组学研究和lipstatin高产机理解析提供了基础数据,对后续相关研究具有重要意义.
文献关键词：
毒三素链霉菌;利普斯他汀;全基因组测序;基因组完成图;线型质粒;生物合成基因簇
中图分类号：
作者姓名：
李辉;方志锴;郭霞凌
作者机构：
大邦(湖南)生物制药有限公司,长沙410221;福建省微生物研究所,福州350007
文献出处：
引用格式：
[1]李辉;方志锴;郭霞凌-.利普斯他汀高产菌株毒三素链霉菌AP617-N12CA的全基因组测序与分析)[J].中国抗生素杂志,2022(01):28-34
A类：
利普斯他汀,毒三素链霉菌,AP617,N12CA,lipstatin,toxytricini,12CA,99Mb,38Mb,61Mb,线型质粒
B类：
高产菌株,全基因组测序,基因组序列,序列信息,株高,分子机理,调控机制,联合应用,单分子测序技术,二代高通量测序,高通量测序技术,相关软件,序数,基因组组装,功能注释,次级代谢产物,生物合成基因簇,分析预测,编码序列,粒组,产物合成,右臂,非在,基因组完成图,图绘,鉴定分析,功能基因组学,组学研究,机理解析
AB值：
0.159169
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