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多花海棠叶绿体基因组分析
文献摘要：
多花海棠(Malusfloribunda Siebold.)是世界范围内广泛栽培的苹果属物种,具有较高的观赏价值和育种意义.对其进行叶绿体基因组比较分析,有利于完善苹果属系统进化以及种质利用的研究内容.基于全基因组测序数据,组装获得一个完整的具有四分体结构的多花海棠叶绿体基因组.该基因组包括大单拷贝区(88 142 bp)、反向重复区B(26 353 bp)、小单拷贝区(19 189 bp)与反向重复区A(26 353 bp),共计160 037 bp.多花海棠叶绿体全基因组共注释到111个基因,包括78个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因.此外,在其基因组中识别到大量的重复序列,与三叶海棠和变叶海棠略有差异.通过计算相对同义密码子使用度,发现其高频密码子共30种,并且密码子具有偏向A/T结尾的使用模式.种间序列比对、边界分析的结果表明,大单拷贝区序列变异较大,8种苹果属植物SC区与IR区扩张收缩情况整体上较为相似.基于叶绿体基因组序列的系统进化分析,将多花海棠、湖北海棠和变叶海棠聚为一类.多花海棠叶绿体基因组的研究可为今后遗传标记开发与种质资源利用等提供数据支持.
文献关键词：
多花海棠;叶绿体基因组;系统进化;生物信息学;比较基因组学分析
中图分类号：
作者姓名：
王寻;冯资权;王大儒;韩月彭;王小非;沈向;由春香
作者机构：
山东农业大学园艺科学与工程学院作物生物学国家重点实验室,山东泰安271018;中国科学院武汉植物园 中国科学院植物种质创新与特色农业重点实验室,湖北武汉430074
文献出处：
引用格式：
[1]王寻;冯资权;王大儒;韩月彭;王小非;沈向;由春香-.多花海棠叶绿体基因组分析)[J].生物工程学报,2022(10):3713-3727
A类：
多花海棠,Malusfloribunda
B类：
叶绿体基因组,基因组分析,Siebold,苹果属,观赏价值,育种,基因组比较,全基因组测序,序数,四分体,分体结构,拷贝,bp,重复区,叶绿体全基因组,蛋白编码,编码基因,tRNA,rRNA,重复序列,三叶,相对同义密码子使用度,高频密码子,结尾,使用模式,种间,序列比对,边界分析,序列变异,SC,基因组序列,系统进化分析,湖北海棠,后遗,遗传标记,标记开发,种质资源利用,比较基因组学分析
AB值：
0.258436
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