典型文献
鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析
文献摘要：
[背景]鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type Ⅰ,PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂.[目的]分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据.[方法]设计首尾重叠的6对特异性引物,利用分段扩增的方法,以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板,分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接.以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考,针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统发育树.[结果]鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15 192 nt.基于全基因组的系统发育分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的系统发育关系最近,核苷酸相似性为99.96％,氨基酸相似性高达100％,属于同一个分支,而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远.基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支.Class Ⅱ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420 nt)比对结果显示,安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株 Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株 BJP13、浙江株 Pigeon/Zhejiang/2036/2012 及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支,同属Ⅵb亚型.[结论]本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列,分析了其系统发育关系,确定其属于Class Ⅱ类Ⅵb型,为后续防控产品的开发提供了理论依据.
文献关键词：
鸽新城疫病毒;全基因组测序;F基因;系统发育分析
中图分类号：
作者姓名：
韩坤;梁琳;李复煌;梁瑞英;汤新明;丁家波
作者机构：
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193;农业农村部动物生物安全风险预警及防控重点实验室(北方),北京100193;西北农林科技大学动物医学院,陕西杨凌712199;北京市畜牧总站,北京100101
文献出处：
引用格式：
[1]韩坤;梁琳;李复煌;梁瑞英;汤新明;丁家波-.鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析)[J].微生物学通报,2022(12):5034-5044
A类：
paramyxovirus,PPMV,BJP2013,GZ288,BJP13
B类：
鸽新城疫病毒,分离株,系统发育分析,副黏病毒,pigeon,type,防控制,基因组信息,系统发育关系,首尾,特异性引物,cDNA,全基因组序列,拼接,NCBI,建立系统,基因组全长,nt,CH,同一个,LaSota,疫苗株,疫毒,毒株,亲缘关系,较远,基因序列,系统发育树分析,同属,Class,Pigeon,Anhui,Guangdong,Zhejiang,比利时,Belgium,全基因组测序
AB值：
0.200866
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