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结核表位疫苗MP3RT在人源化小鼠模型上的转录组学分析
文献摘要：
目的:通过转录组学确定结核表位疫苗MP3RT在人源化动物模型上诱导的差异表达基因（DEG），为阐明MP3RT潜在的分子机制提供新思路。方法:本研究于2019年8月开始至2022年2月完成。本研究采用edgeR软件以差异倍数≥1.5且
P<0.05为筛选条件筛DEG，对筛选出的DEG进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析以及蛋白互作网络分析。并对上述DEG通过RT-qPCR进行实验验证，采用GraphPad Prism 8软件进行统计学分析。
结果:转录组学鉴定了367个DEG（214个上调，153个下调）。生物信息学分析发现，上述DEG的GO富集显著聚焦于细胞代谢、生长、凋亡、炎症等词条，KEGG富集显著聚焦于MAPK信号通路等炎症相关通路。蛋白互作网络分析显示，蛋白Abl1聚集度最大，聚集系数最高，连通性最好。RT-qPCR结果显示，与磷酸盐缓冲液（PBS）组相比，MP3RT疫苗组中
cpne4（
t=2.48，
P=0.048 0）、
h2-q10（
t=2.95，
P=0.025 6）、
mef2c（
t=2.87，
P=0.028 4）、
cr2（
t=3.23，
P=0.178）、
ablim1（
t=2.91，
P=0.033 5）、
dll1（
t=2.70，
P=0.027 3）和
ms4a2（
t=3.03，
P=0.019 2）基因表达水平显著上调，
cd163l1（
t=2.56，
P=0.043 0）、
il1r1（
t=2.91，
P=0.022 7）和
cd34（
t=2.42，
P=0.046 2）基因表达水平显著下调。
结论:MP3RT表位疫苗在人源化动物模型上诱导了367个DEG，这些DEG与新陈代谢和免疫反应相关，p38 MAPK和JNK/MAPK信号通路在MP3RT疫苗分子机制中扮演着重要的角色。
文献关键词：
结核分枝杆菌;表位疫苗;MP3RT;转录组学;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
王杰;米洁;梁艳;吴雪琼;张俊仙;刘银萍;王兰;薛勇;史迎昌;龚文平
作者机构：
解放军总医院第八医学中心结核病医学部研究所 军队结核病防控重点实验室/结核病诊疗新技术北京市重点实验室，北京 100091
文献出处：
引用格式：
[1]王杰;米洁;梁艳;吴雪琼;张俊仙;刘银萍;王兰;薛勇;史迎昌;龚文平-.结核表位疫苗MP3RT在人源化小鼠模型上的转录组学分析)[J].中华结核和呼吸杂志,2022(09):894-903
A类：
MP3RT,Abl1,cpne4,mef2c,cr2,ablim1,dll1,ms4a2,cd163l1,il1r1,cd34
B类：
表位疫苗,人源化小鼠模型,转录组学分析,人源化动物模型,差异表达基因,DEG,edgeR,倍数,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,蛋白互作网络分析,qPCR,GraphPad,Prism,统计学分析,生物信息学分析,细胞代谢,词条,MAPK,相关通路,聚集度,连通性,磷酸盐缓冲液,PBS,h2,q10,基因表达水平,新陈代谢,免疫反应,p38,JNK,结核分枝杆菌
AB值：
0.196224
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