典型文献
基于生物信息学分析多发性肌炎的关键基因及发病机制
文献摘要：
目的 利用生物信息学分析方法寻找多发性肌炎(polymyositis,PM)患者和健康人之间的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),从基因水平探索PM的发病机制.方法 从公共基因芯片数据库GEO中下载3组基因表达谱数据:GSE26852、GSE39454和GSE48280,通过R语言筛选PM患者与健康人骨骼肌之间的DEG.通过基因本体论(genetic ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对DEG的生物学功能进行富集分析.使用String数据库为已识别的DEG构建蛋白互作网络(protein–protein interaction,PPI)并将结果导入Cytoscape软件中进行可视化,使用分子复合物检测(molecular complex detection,MCODE)插件对PPI网络进行模块分析.结果 筛选出396个DEG,其中上调基因297个、下调基因99个.GO分析显示,DEG参与细胞活化,并介导免疫反应等过程;KEGG分析显示,DEG参与抗原加工和提呈信号通路等过程.利用PPI筛选出TYROBP、C1QB、C1QC、C1QA、IRF8、CYBB、LAPTM5、HLA–DRA、CD74、FCGR2B、CD53、IL10RA、AIF–1、VCAM1、CD44、B2M、CD163、HLA–DPA1、CCL5和FYB共20个关键基因,尤其是TYROBP和C1QB连接程度最高.结论 利用PM患者和正常人骨骼肌基因表达谱数据库,可筛选PM潜在的作用位点,补体系统的激活、细胞黏附过程和抗原的呈递过程均参与调控PM的发病,且PM患者合并肿瘤的发生可能与同种异体移植炎性反应因子–1高表达有关.
文献关键词：
多发性肌炎;生物信息学;差异表达基因;关键基因
中图分类号：
作者姓名：
赵蓉;宋珊;乔军;张升校;程婷;李小峰
作者机构：
山西医科大学第二医院风湿免疫科,山西太原 030001;山西医科大学细胞生理学教育部重点实验室, 山西太原 030001
文献出处：
引用格式：
[1]赵蓉;宋珊;乔军;张升校;程婷;李小峰-.基于生物信息学分析多发性肌炎的关键基因及发病机制)[J].中国现代医生,2022(21):1-6
A类：
GSE26852,GSE39454,GSE48280,LAPTM5,FYB
B类：
生物信息学分析,多发性肌炎,关键基因,利用生物,polymyositis,PM,健康人,差异表达基因,differentially,expressed,DEG,基因水平,基因芯片,GEO,下载,基因表达谱,谱数据,人骨,骨骼肌,基因本体论,genetic,ontology,京都基因和基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,生物学功能,富集分析,String,蛋白互作网络,protein,interaction,PPI,Cytoscape,复合物,molecular,complex,detection,MCODE,插件,细胞活化,免疫反应,抗原加工,TYROBP,C1QB,C1QC,C1QA,IRF8,CYBB,HLA,DRA,CD74,FCGR2B,CD53,IL10RA,AIF,VCAM1,CD44,B2M,CD163,DPA1,CCL5,正常人,补体系统,细胞黏附,呈递,同种异体移植,炎性反应
AB值：
0.435121
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