典型文献
基于生物信息学的食管鳞癌相关基因筛选及其预后生存分析
文献摘要：
目的 利用生物信息学筛选食管鳞癌(ESCC)预后相关基因.方法 利用GEO数据库中GSE17351、GSE26886、GSE77861、GSE161533、GSE20347、GSE23400及GSE75241共7个数据集筛选出食管癌及其癌旁组织中差异表达基因(DEGs),再行GO、KEGG分析,构建蛋白互作网络(PPI)并筛选核心基因;通过Kaplan-Meier法利用TCGA数据库中ESCC相关数据分析核心基因与ESCC预后相关性.结果 共筛选出775个DEGs,其中上调325个、下调450个,主要涉及细胞外结构组织、细胞外基质组织、角质化等生物过程以及IL-17信号通路、细胞外基质受体相互作用、细胞周期等信号通路.从5个PPI子网络中筛出12个核心基因UBE2C、MCM7、COL3A1、COL7A1、COL5A2、COL4A1、CXCL10、ANXA1、NMU、ISG15、LUM、CCNA1,其中MCM7低表达组生存率显著高于高表达组(P=0.047),而CCNA1和ANXA1高表达组生存率显著低于低表达组(分别P=0.025、P=0.035).结论 MCM7、CCNA1、ANXA1基因与ESCC生存预后具有显著相关性.
文献关键词：
食管鳞癌;差异表达基因;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
杨莉;杨东红;冯丽萍;谢忠;李海文
作者机构：
广东医科大学附属医院肿瘤中心,广东湛江 524000
文献出处：
引用格式：
[1]杨莉;杨东红;冯丽萍;谢忠;李海文-.基于生物信息学的食管鳞癌相关基因筛选及其预后生存分析)[J].广东医科大学学报,2022(04):398-404
A类：
GSE77861,GSE161533,GSE75241,NMU
B类：
食管鳞癌,基因筛选,预后生存,生存分析,利用生物,ESCC,预后相关基因,GEO,GSE17351,GSE26886,GSE20347,GSE23400,食管癌,癌旁组织,差异表达基因,DEGs,再行,蛋白互作网络,PPI,核心基因,Kaplan,Meier,法利,TCGA,预后相关性,细胞外基质,角质化,生物过程,细胞周期,子网络,UBE2C,MCM7,COL3A1,COL7A1,COL5A2,COL4A1,CXCL10,ANXA1,ISG15,LUM,CCNA1,低表达,生存预后,显著相关性
AB值：
0.415944
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