典型文献
非特异性间质性肺炎相关基因筛选和生物信息学分析
文献摘要：
目的:通过生物信息学的方法筛选非特异性间质性肺炎(nonspecific interstitial pneumonia, NSIP)的致病基因，为进一步研究提供靶点。方法:从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE110147、GSE21369、GSE40839，使用limma包分析工具筛选正常组织与NSIP的差异表达基因。通过clusterProfiler包对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，找到NSIP发病过程中差异表达基因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。利用STRING数据库和CYTOSCAPE软件构建蛋白相互作用网络，使用MCODE软件提取蛋白相互作用网络中的子网络模块。结果:3个数据集的差异表达基因做韦恩图得到3个共同差异表达基因。GO富集分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要影响RNA剪接、抗病毒感染、对肽的细胞反应等相关的生物过程，富集的分子主要参与细胞组分的囊腔合成分泌、剪接复合体，富集的分子功能主要参与ATP酶活性，受体配体活性及DNA结合转录激活因子活性。NSIP中下调的蛋白主要涉及转移酶活性调节的生物过程。KEGG通路分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要参与PI3K-Akt、人类乳头瘤病毒感染及MAPK等信号通路。结论:利用生物信息学筛选出差异表达基因，可能是NSIP发病机制的新靶点，对诊断治疗NSIP具有临床意义。
文献关键词：
非特异性间质性肺炎;差异表达基因;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
李德峰;毛杨;付万垒
作者机构：
重庆 400037，陆军（第三）军医大学第二附属医院临床医学研究中心;重庆 400037，陆军（第三）军医大学第二附属医院病理科
文献出处：
引用格式：
[1]李德峰;毛杨;付万垒-.非特异性间质性肺炎相关基因筛选和生物信息学分析)[J].中华肺部疾病杂志（电子版）,2022(03):306-310
A类：
GSE110147,GSE21369,GSE40839,CYTOSCAPE
B类：
非特异性间质性肺炎,基因筛选,生物信息学分析,nonspecific,interstitial,pneumonia,NSIP,致病基因,GEO,下载,基因芯片,limma,包分析,正常组织,差异表达基因,clusterProfiler,通路富集分析,生物功能,STRING,软件构建,蛋白相互作用网络,MCODE,子网络,韦恩图,剪接,抗病毒感染,生物过程,囊腔,合成分泌,复合体,ATP,转录激活因子,转移酶,通路分析,PI3K,Akt,人类乳头瘤病毒感染,MAPK,利用生物,出差,新靶点,诊断治疗
AB值：
0.244454
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