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甜菜组蛋白去乙酰化酶(HDACs)基因家族鉴定及功能预测
文献摘要：
为了鉴定甜菜基因组中春化作用相关的组蛋白去乙酰化酶(HDACs).本研究利用HMMsearch和Blastp鉴定BvHDACs基因家族成员,并采用iqtree程序构建最大似然进化树.利用TBtools分析BvHDACs染色体定位、基因结构.通过转录组测序分析春化过程中BvHDACs表达模式.结果表明,甜菜共有16个的BvHDACs基因分别位于5条染色体.它们可分为RPD3/HDA1、SIR2、HD2三个亚家族,亚家族内各成员功能结构域高度相似.转录组测序表明多个RPD3/HDA1、SIR2和HD2成员在春化过程中发生显著变化.尤其是,BvHDT1和BvHDT2变化趋势与抽薹表型变化具有相关性.蛋白互作预测表明BvHDT1、BvHDT2具有与BvFLD、BvJMJ11、BvJMJ12等抽薹开花相关蛋白相互作用的潜力.综上,推测BvHDT1和BvHDT2可能参与甜菜春化作用.
文献关键词：
甜菜;春化作用;组蛋白去乙酰化酶;基因家族;抽薹
中图分类号：
作者姓名：
王琳玉;蒋依辰;于清洋;吴则东;邳植
作者机构：
黑龙江大学现代农业与生态环境学院,哈尔滨150080;黑龙江省普通高校甜菜遗传育种重点实验室/黑龙江大学,哈尔滨150080
文献出处：
引用格式：
[1]王琳玉;蒋依辰;于清洋;吴则东;邳植-.甜菜组蛋白去乙酰化酶(HDACs)基因家族鉴定及功能预测)[J].中国农学通报,2022(08):9-16
A类：
HMMsearch,BvHDACs,iqtree,RPD3,HDA1,SIR2,BvHDT1,BvHDT2,BvFLD,BvJMJ11,BvJMJ12
B类：
甜菜,组蛋白去乙酰化酶,基因家族鉴定,功能预测,春化作用,研究利用,Blastp,程序构建,最大似然,进化树,TBtools,染色体定位,基因结构,转录组测序分析,表达模式,HD2,亚家族,功能结构,结构域,蛋白互作,抽薹开花,蛋白相互作用
AB值：
0.181305
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