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典型文献
中国美利奴羊(新疆型)羊毛长度与产毛量的全基因组关联分析
文献摘要:
[目的]对中国美利奴羊(新疆型)羊毛长度和产毛量性状进行全基因组关联分析(GWAS),挖掘影响这2个性状的遗传标记,揭示这些性状产生的遗传机制.[方法]以366只中国美利奴羊(新疆型)为对象,对其周岁羊(16月龄)和成年羊(30月龄)个体的羊毛长度和产毛量(污毛质量)性状进行描述性统计.提取试验羊DNA,采用Illumina OvineSNP50 BeadChip中密度芯片(包括54 241个SNP位点),对周岁羊和成年羊的羊毛长度和产毛量进行GWAS.基于single-locus回归方法、permutation方法、Ovisaries Annotation Release 100和绵羊数量性状位点数据库(Sheep QTLdb)进行统计分析、基因注释和SNP验证.[结果]试验羊群体羊毛性状的平均值均在正常范围内,最大值和最小值均符合正态分析要求,可进行GWAS.从试验羊群体中共筛选出44 798个SNP,每条染色体上的SNP数量为672~5 150个,SNP间的距离为49.97~65.59 kb.挖掘出21个与羊毛性状相关的SNP,其中s65179.1、OAR25_10510703.1、OAR3_112640501.1 和 s56106.1 4 个 SNP 分别位于 KIF16B、RYR2、ANAPC1 和 DPP6 基因内,并且这4个SNP位置均位于基因的编码区;其他SNP注释在FIBIN、HSD17B11、PIAS1基因附近.QTL分析结果表明,OAR25_10510703.1定位到2个与纤维长度相关的QTL和1个与污毛质量相关的QTL,OAR7_15117952.1定位到1个与纤维长度相关的QTL和1个与初级纤维直径变异系数相关的QTL,可见这2个位点对中国美利奴羊(新疆型)羊毛长度和产毛量具有显著性作用.[结论]在周岁和成年中国美利奴羊(新疆型)鉴定出了21个与羊毛长度与产毛量显著相关的SNP,揭示了中国美利奴羊纤维长度和产毛量性状的遗传结构.
文献关键词:
中国美利奴羊(新疆型);全基因组;羊毛性状;产毛量;羊毛长度
作者姓名:
徐新明;哈妮克孜·吐拉甫;刘剑锋;石刚;付雪峰;于丽娟;拉扎特·艾尼瓦尔;狄江
作者机构:
新疆畜牧科学院,新疆乌鲁木齐830000;中国农业大学动物科技学院,北京100193
引用格式:
[1]徐新明;哈妮克孜·吐拉甫;刘剑锋;石刚;付雪峰;于丽娟;拉扎特·艾尼瓦尔;狄江-.中国美利奴羊(新疆型)羊毛长度与产毛量的全基因组关联分析)[J].西北农林科技大学学报(自然科学版),2022(08):1-7
A类:
羊毛长度,OvineSNP50,Ovisaries,QTLdb,s65179,OAR25,OAR3,s56106,KIF16B,ANAPC1,DPP6,FIBIN,HSD17B11,OAR7
B类:
国美,美利奴羊,产毛量,全基因组关联分析,GWAS,遗传标记,遗传机制,周岁,月龄,毛质,描述性统计,提取试验,Illumina,BeadChip,中密度,single,locus,permutation,Annotation,Release,绵羊,数量性状位点,Sheep,基因注释,羊群,羊毛性状,最小值,kb,挖掘出,RYR2,编码区,PIAS1,纤维长度,质量相关,纤维直径,个位,遗传结构
AB值:
0.195225
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