典型文献
肺腺癌中综合分析竞争性内源RNA网络预测潜在的预后lncRNA
文献摘要：
目的:利用生物信息学构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络进而探索肺腺癌的发病机制,为肺腺癌的预防和治疗提供生物靶标.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织的基因表达谱.利用R软件获得与肺腺癌相关的差异表达RNAs(lncRNA、miRNA、mRNA),筛选标准为|LogFC|>1,P<0.01.miRcode数据库预测差异lncRNA的目标基因,运用miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库预测miRNA的靶基因,构建ceRNA网络.进一步对ceRNA网络中的差异mRNA进行功能和通路富集分析,并对ceRNA网络中的lncRNA进行单因素和多因素分析,从而建立风险模型.R软件对特定的临床信息进行单因素和多因素分析,获得可以作为独立预后因子的临床信息.R软件对lncRNA和mRNA的相关性进行分析.Kaplan-Meier数据库对PPI网络中与lncRNA显著相关的关键基因进行生存分析.结果:从TCGA数据库中下载了535个肺腺癌组织样本和59个癌旁组织样本.R软件分析获得4847个差异mRNA、2070个差异lncRNA和232个差异miRNA.发现差异基因的主要功能为调控RNA聚合酶Ⅱ特异性、DNA结合转录激活剂活性、L-谷氨酸跨膜转运蛋白活性、Wnt信号等.获得由170个lncRNA、14个miRNA和66个mRNA组成的ceRNA网络.单因素分析得到7个与肺腺癌生存期显著相关的lncRNA,多因素分析最终得到6个可以作为独立预后因子的lncRNA(DGCR5、LINC00536、ATG9B、FGF14-IT1、ANO1-AS2、SYNPR-AS1)和风险值(1.245336).在单因素分析中临床信息:肿瘤分期(Stage)、淋巴结(N)、远处转移(T)作为预后因子,多因素分析临床信息不可作为独立预后因子.在肺腺癌中,mRNA(FGF2、CCNB1、ALDOA、COL1A1、MCM4)低表达组的生存率高于高表达组.结论:本研究中的ceRNA网络着眼于疾病阶段和差异基因表达,可为ceRNA网络在肺腺癌发生和发展中的作用提供有价值的见解.
文献关键词：
生物信息学;肺腺癌;竞争性内源RNA;预后
中图分类号：
作者姓名：
黄银龙;连超群;孙康;张志强;邓娇娇;张静
作者机构：
蚌埠医学院生命科学学院,安徽 蚌埠 233030;蚌埠医学院检验医学院,安徽 蚌埠 233030
文献出处：
引用格式：
[1]黄银龙;连超群;孙康;张志强;邓娇娇;张静-.肺腺癌中综合分析竞争性内源RNA网络预测潜在的预后lncRNA)[J].沈阳医学院学报,2022(05):453-462,473
A类：
DGCR5,LINC00536,FGF14,SYNPR
B类：
肺腺癌,竞争性,lncRNA,利用生物,ceRNA,预防和治疗,靶标,癌症基因组图谱,TCGA,下载,癌组织,癌旁组织,基因表达谱,差异表达,RNAs,miRNA,筛选标准,LogFC,miRcode,miRDB,miRTarBase,TargetScan,靶基因,通路富集分析,多因素分析,风险模型,临床信息,预后因子,Kaplan,Meier,PPI,关键基因,生存分析,主要功能,转录激活,激活剂,谷氨酸,跨膜转运蛋白,蛋白活性,Wnt,生存期,ATG9B,IT1,ANO1,AS2,AS1,风险值,肿瘤分期,Stage,淋巴结,远处转移,FGF2,CCNB1,ALDOA,COL1A1,MCM4,低表达,差异基因表达
AB值：
0.353468
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