典型文献
基于TCGA筛选结肠癌预后相关lncRNA及建立预后风险模型
文献摘要：
目的:筛选与结肠癌预后相关长链非编码RNA（lncRNA），并构建结肠癌预后风险模型。方法:数据提取时间：建库至2022年3月1日。从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载并整理结肠癌转录组数据，构建配对样本lncRNA表达矩阵，利用“edgeR”R包筛选获得差异表达lncRNA（DElncRNA）。对DElncRNA先后行COX回归模型单变量分析、Lasso回归分析、Kaplan-Meier（K-M）生存分析、多元COX回归模型分析，获取预后相关lncRNA。依据多元COX回归模型中回归系数构建结肠癌预后风险模型。通过C指数值、时间依赖的受试者工作特征曲线（ROC）和ROC下的面积（AUC）及K-M生存分析评估模型预测的准确性。对模型中lncRNA构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络，对相关的mRNA进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组大百科全书数据库（KEGG）富集分析，探索lncRNA影响结肠癌进展的机制。结果:整理转录组数据得到5 460个lncRNA，配对样本分析获得DElncRNA 868个，其中上调548个、下调320个。单变量COX回归分析后获得40个lncRNA，经Lasso回归分析过滤共线性因素，得到lncRNA 34个，K-M生存分析后，得出14个候选lncRNA。再进行多元COX回归分析，得到7个预后相关lncRNA（下调：LINC01132；上调：ELFN1-AS1、RP5-884M6.1、LINC00461、RP1-79C4.4、RP4-816N1.7、RP3-380B8.4），依据回归系数构建预后风险模型。模型的C指数值为0.82；3年和5年的AUC值分别为0.79、0.84；进行K-M生存分析提示高低风险组生存率差异有统计学意义（
P<0.000 1）。随后构建ceRNA网络，通过KEGG富集分析提示下调lncRNA可能是通过肌动蛋白细胞骨架的调控、癌症中蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路等抑制结肠癌进展，上调lncRNA可能是通过细胞粘附分子、局灶性粘连、吞噬体等通路促进结肠癌进展。
结论:本研究构建了一个包含7个lncRNA的结肠癌预后风险模型，具有较好预测患者生存预后准确性，每个lncRNA是潜在单独的预后生物标志物，对临床上结肠癌患者预后评估具有一定参考价值。
文献关键词：
结肠癌;结直肠癌;TCGA;lncRNA;预后模型
中图分类号：
作者姓名：
何天;曹天生
作者机构：
广州市花都区人民医院胃肠外科，广州 510800
文献出处：
引用格式：
[1]何天;曹天生-.基于TCGA筛选结肠癌预后相关lncRNA及建立预后风险模型)[J].国际医药卫生导报,2022(13):1864-1871
A类：
LINC01132,884M6,79C4,RP4,816N1,380B8
B类：
TCGA,预后风险模型,关长,长链非编码,数据提取,提取时间,建库,癌症基因组图谱,下载,转录组数据,edgeR,差异表达,DElncRNA,后行,COX,单变量分析,Lasso,Kaplan,Meier,生存分析,回归系数,指数值,时间依赖,受试者工作特征曲线,分析评估,竞争性,ceRNA,基因本体论,京都,大百科全书,富集分析,样本分析,共线性,ELFN1,AS1,RP5,LINC00461,RP1,RP3,低风险组,肌动蛋白,细胞骨架,蛋白聚糖,PI3K,Akt,过细,细胞粘附分子,局灶性,粘连,吞噬体,研究构建,一个包,生存预后,预后生物标志物,结肠癌患者,预后评估,结直肠癌,预后模型
AB值：
0.278981
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