典型文献
CPT1C的表达水平与甲基化的关联及其对胃癌预后的影响
文献摘要：
目的 探讨CPT1C在胃癌中的表达情况及其可能参与的信号通路.方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理胃癌数据集的mRNA表达RNA-seq数据及临床预后相关数据,对胃癌组织和正常组织中CPT1C基因进行差异表达分析,并绘制图型.以CPT1C表达量的中位数为界将胃癌患者分为高表达组和低表达组,使用Kaplan-Meier法进行生存分析,探索CPT1C的表达与胃癌患者生存和临床病理特征的关系.同时利用DNA甲基化交互可视化数据库(DNMIVD)分析CPT1C甲基化与基因表达的关系及其与预后的相关性.使用GSEA4.0.1软件进行基因集富集分析,同时进行多GSEA富集分析的图形绘制.结果 CPT1C在胃癌中显著高表达,与癌旁组织的差异具有统计学意义(=0.003);删除TCGA胃癌患者中生存时间P<30 d的样本后,共有306例样本,CPT1C高表达患者(=153)预后更差(=0.01),且在Kaplan-Meier Plotter数据分析平台中,高表达CPT1C的胃癌患者同样与不良预后相关(P<0.05);对TCGA胃癌患者的单因素和多因素回归分析提示,高表达CPT1C与更短的生存相关(=0.02),CPT1C基因表达与DNA启动子甲基化呈显著负相关(=-0.33,=6.60e-10),并且低甲基化与不良预后相关(=7.53e-03);GSEA分析结果显示,CPT1C高表达样本富集了ECM受体相互作用、Ca离子信号通路和HEDGEHOG信号通路等相关基因集,而CPT1C低表达样本则富集了剪接体,碱基切除修复和氧化磷酸化等相关基因集.结论 CPT1C可能作为胃癌的独立预后因素,其可能通过参与ECM受体相互作用、Ca离子信号通路和HEDGEHOG信号通路等通路调节胃癌的发生发展.
文献关键词：
胃癌;肿瘤基因组图谱;Kaplan-Meier Plotter;DNA甲基化交互可视化数据库;CPT1C
中图分类号：
作者姓名：
陈科;陈继军;陈赵乐;樊菲菲;刘传明
作者机构：
解放军空军军医大学第一附属医院急诊科,陕西 西安 710032
文献出处：
引用格式：
[1]陈科;陈继军;陈赵乐;樊菲菲;刘传明-.CPT1C的表达水平与甲基化的关联及其对胃癌预后的影响)[J].医学信息,2022(18):19-24
A类：
CPT1C,DNMIVD,GSEA4,60e,53e,HEDGEHOG
B类：
肿瘤基因组图谱,TCGA,下载,seq,临床预后,胃癌组织,正常组织,差异表达分析,绘制图,中位数,胃癌患者,低表达,Kaplan,Meier,生存分析,临床病理特征,交互可视化,可视化数据库,基因集富集分析,图形绘制,癌旁组织,删除,生存时间,Plotter,分析平台,不良预后,多因素回归分析,启动子甲基化,ECM,剪接体,碱基切除修复,氧化磷酸化,独立预后因素
AB值：
0.174009
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
