典型文献
结直肠癌患者血液外泌体差异表达非编码RNA的筛选及生物信息学分析
文献摘要：
目的 对结直肠癌患者血液外泌体差异表达非编码RNA(ncRNA)进行筛选及功能分析,探索结直肠癌的发病机制,为结直肠癌早期诊断分子标志物的筛选及治疗靶点提供理论依据.方法 从exoRBase数据库中选取12例结直肠癌患者和32例正常对照者血液外泌体的RNA-seq数据,利用R软件的Limma包筛选差异表达ncRNA和信使RNA(mRNA),预测其结合的微小RNAs(miRNA),构建竞争内源性RNA(ceRNA)网络,并利用R软件的clusterProfiler包和enrichplot包对差异表达mRNAs进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 结直肠癌组和正常对照组外泌体差异表达基因筛选,共筛选出125个差异表达mRNAs,其中上调表达117个,下调表达8个;52个差异表达长链非编码RNAs(lncRNAs),均为上调表达;81个差异表达环状RNAs(circRNAs),其中上调表达47个,下调表达34个.预测mRNAs和lncRNAs、circRNAs结合的共同miRNAs,构建miRNAs为中心的ceRNA调控网络,包含16个lncRNAs、13个circRNAs、62个miRNAs和25个mRNAs.差异表达mRNAs主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、胰高血糖素信号通路、Fcγ受体介导的吞噬作用等.结论 通过生物信息学方法构建ceRNA调控网络,可揭示差异表达基因调控结直肠癌发生、发展的分子机制,有助于临床上指导结直肠癌的早期诊断和精准治疗.
文献关键词：
结直肠癌;外泌体;非编码RNA;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
池宏波;杨英梅
作者机构：
318000 浙江省台州医院、台州恩泽医疗中心(集团)恩泽医院检验科;台州市中心医院(台州学院附属医院)检验科
文献出处：
引用格式：
[1]池宏波;杨英梅-.结直肠癌患者血液外泌体差异表达非编码RNA的筛选及生物信息学分析)[J].浙江医学,2022(01):25-27,32,后插2-后插3
A类：
enrichplot
B类：
结直肠癌患者,外泌体,生物信息学分析,功能分析,诊断分子标志物,治疗靶点,exoRBase,正常对照,seq,Limma,信使,内源性,ceRNA,clusterProfiler,mRNAs,基因本体论,功能富集,京都基因与基因组百科全书,通路富集分析,差异表达基因,基因筛选,长链非编码,lncRNAs,circRNAs,miRNAs,调控网络,丝裂原活化蛋白激酶,MAPK,胰高血糖素,Fc,吞噬作用,生物信息学方法,基因调控,精准治疗
AB值：
0.216871
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