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基于TCGA数据库数据分析肺腺癌组织中ESYT3基因的表达变化、临床意义及其分子作用机制
文献摘要：
目的 基于TCGA数据库数据分析肺腺癌组织中扩展突触标记蛋白3(ESYT3)基因的表达变化和临床意义,并探讨其分子作用机制.方法 从TCGA数据库中下载肺腺癌患者的临床相关资料,观察肺腺癌组织和正常肺组织中ESYT3 RNA的表达量、ESYT3 DNA甲基化水平.以肺腺癌组织中ESYT3 RNA表达量中位值为界,将肺腺癌患者分为低表达组和高表达组,单因素Logistic回归分析ESYT3 RNA高、低表达与肺腺癌患者临床病理特征的关系,采用Kaplan-Meier法分析ESYT3 RNA高、低表达组患者中位生存期.通过R语言"limma"包筛选ESYT3 RNA高、低表达组患者的差异表达基因,并对低表达组中的差异表达基因进行GO生物过程富集分析和KEGG信号通路富集分析.提取KEGG细胞周期信号通路相关基因,分析其在ESYT3 RNA高、低表达组患者的差异表达情况,并利用Pearson相关性分析ESYT3与差异表达基因的相关性.结果 肺腺癌组织中ESYT3 RNA的表达量为1.335(0.704,2.546),正常肺组织中ESYT3 RNA的表达量为3.953(2.986,4.737),两者相比,P<0.001.肺腺癌组织中ESYT3 DNA甲基化水平高于正常肺组织(P<0.01).ESYT3 RNA高、低表达与肺腺癌患者性别、临床分期和T分期有关(P均<0.05).低表达组肺腺癌患者中位生存期低于高表达组(P<0.01).共筛选出ESYT3 RNA高、低表达组患者的差异表达基因1396个,GO生物学过程和KEGG信号通路富集分析结果显示,ESYT3低表达组中表达上调的基因主要在细胞周期等相关通路富集.共筛选出BUB1、BUB1B、CCNA2等26个参与KEGG细胞周期信号通路的差异表达基因,相关性分析结果显示,ESYT3与CCNA2、MAD2L1、PLK13个基因表达中度负相关.结论 ESYT3基因在肺腺癌组织中低表达,ESYT3表达水平与患者性别、临床分期、T分期、生存期有关.ESYT3低表达影响细胞周期等信号通路,并与CCNA2、MAD2L1、PLK1等基因的表达呈负相关关系.
文献关键词：
扩展突触标记蛋白3基因;肺腺癌;TCGA数据库;细胞周期信号通路
中图分类号：
作者姓名：
赵冉;冯圣鋆;宣成昊;兰蓓
作者机构：
天津医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系,天津300070
文献出处：
引用格式：
[1]赵冉;冯圣鋆;宣成昊;兰蓓-.基于TCGA数据库数据分析肺腺癌组织中ESYT3基因的表达变化、临床意义及其分子作用机制)[J].山东医药,2022(21):54-57
A类：
ESYT3,PLK13
B类：
TCGA,癌组织,表达变化,分子作用机制,突触,下载,肺腺癌患者,临床相,肺组织,甲基化水平,中位值,低表达,临床病理特征,Kaplan,Meier,中位生存期,limma,差异表达基因,生物过程,信号通路富集,通路富集分析,细胞周期信号通路,临床分期,生物学过程,相关通路,BUB1B,CCNA2,MAD2L1
AB值：
0.124366
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