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转录组与蛋白组关联分析探讨草酸钙结石晶体对 HK-2细胞基因表达的影响
文献摘要：
目的 探讨草酸钙结石晶体对人近曲肾小管上皮细胞 HK-2的影响.方法 建立草酸钙结石与 HK-2细胞相互作用的模型,进行转录组和蛋白组表达谱高通量定量研究.筛选差异表达基因,通过InterProScan进行GO富集分析,KEGG Mapper进行KEEG信号通路分析及蛋白质相互作用网络STRING分析.结果 转录组与蛋白组定量研究分别定量到57833个转录本和6407个蛋白.通过比较转录组与蛋白组的定量情况,发现有6144个基因在转录组和蛋白组水平都定量.蛋白水平464个分子显著下调,699个分子显著上调.转录组水平11个分子下调,14个分子上调.GO分析发现,线粒体衍生囊泡与腺嘌呤跨膜转运体活性、snRNA的细胞核输出以及中心粒周围异染色质组装具有最高的富集指数.KEEG富集分析显示缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解、初级胆汁酸生物合成、维生素B6代谢、硫中继系统以及糖胺聚糖生物合成和DNA 非同源末端链接为最显著的KEEG通路.蛋白互作网络发现MYH9、MYH14、MYH1、MYL12A、ACTB、ARPC1A、ARPC2、ANXA2、CFL1、PRDX1、PRXD2共11个关键调控因子.结论 转录组与蛋白组关联分析筛选所得关键通路及关键基因可能在肾结石形成过程中扮演重要角色.
文献关键词：
草酸钙结石;转录组;蛋白组;近曲肾小管上皮细胞;肾结石
中图分类号：
作者姓名：
张圣平;邓琼;张颖;张建文;梁辉;王铸
作者机构：
南方医科大学附属深圳龙华医院泌尿外科,广东深圳 518109
文献出处：
引用格式：
[1]张圣平;邓琼;张颖;张建文;梁辉;王铸-.转录组与蛋白组关联分析探讨草酸钙结石晶体对 HK-2细胞基因表达的影响)[J].现代泌尿外科杂志,2022(11):927-931
A类：
近曲肾小管上皮细胞,InterProScan,MYH14,MYL12A,ARPC1A,ARPC2,PRXD2
B类：
蛋白组,草酸钙结石,HK,表达谱,定量研究,差异表达基因,富集分析,Mapper,KEEG,通路分析,蛋白质相互作用网络,STRING,转录本,比较转录组,囊泡,腺嘌呤,跨膜转运,膜转运体,snRNA,细胞核,核输出,中心粒,异染色质,装具,缬氨酸,异亮氨酸,初级胆汁酸,生物合成,B6,中继系统,糖胺聚糖,非同,蛋白互作网络,网络发现,MYH9,ACTB,ANXA2,CFL1,PRDX1,调控因子,关键基因,肾结石
AB值：
0.314371
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