典型文献
基于加权基因共表达网络的子宫内膜癌关键基因筛选与预后分析
文献摘要：
目的 基于加权基因共表达网络筛选影响子宫内膜癌发生发展的关键基因并分析其与预后的关系.方法 从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载包含子宫内膜癌组织和正常内膜组织样本数据集(GSE17025)的基因芯片表达数据.使用R 4.2.1软件中的Limma包筛选出差异表达基因,并利用WGCNA包构建基因共表达网络,获得相关模块及其基因集,然后利用Venn包对相关系数最大的模块基因和差异表达基因取交集.对交集基因进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并构建交集基因的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件提取出关键基因,分析关键基因与子宫内膜癌预后的关系.结果 共筛选出差异表达基因2 165个,包含5个模块,其中红色模块(包括304个基因)与子宫内膜癌的相关度最高(r=-0.54,P＜0.001),取二者交集获得137个基因.交集基因主要涉及细胞器分裂及核分化等生物学过程,且主要富集在同源重组、p53信号通路等信号通路中.PPI网络共筛选出7个关键基因,包括纺锤体样小头畸形相关蛋白基因(ASPM)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(BUB1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B(BUB1B)、细胞分裂周期20(CDC20)、驱动蛋白家族成员11(KIF11)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)和拓扑异构酶Ⅱ α(TOPⅡ α),其中6个基因(ASPM、BUB1、BUB1B、CDC20、KIF11 和 TOPⅡ α)的高表达与预后较差有关.结论 ASPM、BUB1、BUB1B、CDC20、KIF11、CDK1和TOPⅡ α可能是影响子宫内膜癌发生发展的关键基因,其中ASPM、BUB1、BUB1B、CDC20、KIF11和TOPⅡ α基因的高表达与预后较差有关.
文献关键词：
子宫内膜癌;加权基因共表达网络分析;差异表达基因;生存分析
中图分类号：
作者姓名：
韦仕洋;封意兰;郑满足;潘春平;李静玲;赵仁峰
作者机构：
广西医学科学院·广西壮族自治区人民医院妇科,广西南宁市 530021
文献出处：
引用格式：
[1]韦仕洋;封意兰;郑满足;潘春平;李静玲;赵仁峰-.基于加权基因共表达网络的子宫内膜癌关键基因筛选与预后分析)[J].微创医学,2022(05):577-582
A类：
GSE17025
B类：
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AB值：
0.24891
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