典型文献
基于生物信息学方法筛选扩张型心肌病相关基因并分析潜在药物
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法筛选扩张型心肌病(DCM)核心基因及信号通路,进而分析可能的治疗方案及潜在的靶向药物.方法:提取基因表达汇编数据库(GEO)GSE17800和GSE19303基因芯片集,利用R语言获取DCM和正常对照心肌活检标本的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)功能分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析及基因探针(GSEA)富集分析.利用Cytoscape软件将STRING数据库中的蛋白互作网络信息(PPI)可视化,再通过药物-基因相互作用数据库(DGIdb)对基因与药物之间的作用关系进行分析,得出潜在的靶向药物.结果:共筛选出差异上调表达基因60个,主要与细胞内钙处理受损与血管舒张的调控有关,而GSEA富集分析表明皮间充质转化、肌发生等可能与DCM有着密切的关联.将得到的差异基因构建蛋白互作网络,并运用MCODE插件进行了分析,得到22个关键通路上调基因,将得到的上调基因输入数据DGIdb挖掘潜在靶向治疗药物,分析得到可能的治疗药物氯噻酮、氨氯地平和奈西利肽,并将得到的差异基因与GeenCards在线数据库中DCM相关基因取交集,得到2个相关基因,即NPPA和NPPB.结论:根据生物信息学分析及查阅相关文献,筛选出的候选基因NPPA、NPPB与DCM的发生发展有着紧密的联系,为DCM的预防及治疗研究提供了有意义的线索及建议.
文献关键词：
心肌病;扩张型;生物信息学;靶向治疗;潜在药物
中图分类号：
作者姓名：
施展;张步春
作者机构：
安徽医科大学附属省立医院 心血管内科,安徽 合肥230001;中国科学技术大学附属第一医院 心血管内科,安徽 合肥 230001
文献出处：
引用格式：
[1]施展;张步春-.基于生物信息学方法筛选扩张型心肌病相关基因并分析潜在药物)[J].淮海医药,2022(03):226-229,233
A类：
GSE17800,GSE19303,GeenCards
B类：
生物信息学方法,扩张型心肌病,潜在药物,DCM,核心基因,靶向药物,基因表达汇编,GEO,基因芯片,正常对照,心肌活检,差异表达基因,DEGs,基因本体,功能分析,京都基因与基因组百科全书,通路分析,基因探针,GSEA,富集分析,Cytoscape,STRING,蛋白互作网络,PPI,DGIdb,出差,细胞内钙,钙处理,血管舒张,肌发生,差异基因,MCODE,插件,输入数据,靶向治疗药物,氨氯地平,西利,交集,NPPA,NPPB,生物信息学分析,候选基因,着紧,预防及治疗,治疗研究
AB值：
0.321518
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