典型文献
基于生物信息学分析硬皮病的发病机制
文献摘要:
目的 通过生物信息学技术探讨硬皮病发病的相关分子机制.方法 通过基因表达图谱数据库获取GSE117928芯片数据.使用R软件,|logFC|>1,调整P<0.05为过滤条件,筛选出硬皮病差异基因,然后将差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析及基因本体(GO)功能富集分析.GSE117928芯片数据进行基因集富集分析(GSEA)通路分析和免疫细胞浸润分析,获取富集通路和免疫细胞相对含量.结果 获得硬皮病差异基因722个,其中上调基因298个,下调基因424个;核心靶点包括RPS27A、BTRC、FBXO32、ZBTB16、FBXO21、VHL、ATG7、CBLB、ANAPC1、COMMD9、CSNK1E、RPS8、MPHOSPH10、KRR1、RPL5.GO富集生物功能包括中性粒细胞活化参与免疫反应、嗜中性粒细胞脱颗粒、髓系细胞分化、对脂多糖反应、积极调节防御反应等.GSEA富集通路中硬皮病组排名前五位通路包括氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体、谷胱甘肽代谢、糖酵解糖异生和半乳糖代谢通路;正常对照组排名前五位通路为自然杀伤细胞介质细胞毒性、剪接体、泛素介导的蛋白水解、小细胞肺癌、T细胞受体信号通路.免疫浸润结果显示正常对照组CD8+T细胞、幼稚CD4+T细胞相对含量明显增加,而硬皮病组单核细胞相对含量明显增加.结论 硬皮病的发病机制可能是通过调节RPS27A、BTRC、FBXO32、ZBTB16、FBXO21、VHL、ATG7、CBLB、ANAPC1等基因,参与中性粒细胞活化参与免疫反应、嗜中性粒细胞脱颗粒等生物过程,上调氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体、谷胱甘肽代谢、糖酵解糖异生和半乳糖代谢等通路来完成的.硬皮病发病与单核细胞增多密切相关.
文献关键词:
硬皮病;发病机制;生物信息学技术
中图分类号:
作者姓名:
郭嘉;卞华;陈爽;单雨;卞博
作者机构:
河南中医药大学第二附属医院,河南省中医院风湿病科,郑州 450008;南阳理工学院张仲景国医国药学院,河南省张仲景方药与免疫调节重点实验室,河南 南阳 473004
文献出处:
引用格式:
[1]郭嘉;卞华;陈爽;单雨;卞博-.基于生物信息学分析硬皮病的发病机制)[J].中国医科大学学报,2022(09):776-782
A类:
GSE117928,ZBTB16,FBXO21,CBLB,ANAPC1,COMMD9,RPS8,MPHOSPH10,KRR1,RPL5
B类:
生物信息学分析,硬皮病,生物信息学技术,技术探讨,基因表达图谱,谱数据,logFC,差异基因,蛋白质相互作用网络,PPI,基因本体,功能富集分析,基因集富集分析,GSEA,通路分析,免疫细胞浸润,富集通路,相对含量,核心靶点,RPS27A,BTRC,FBXO32,VHL,ATG7,CSNK1E,生物功能,功能包,细胞活化,免疫反应,嗜中性粒细胞,细胞脱颗粒,髓系细胞,细胞分化,脂多糖,防御反应,五位,氨基糖,糖代谢,溶酶体,谷胱甘肽代谢,糖酵解,糖异生,半乳糖,代谢通路,正常对照,自然杀伤细胞,细胞毒性,剪接体,泛素,蛋白水解,小细胞肺癌,细胞受体,免疫浸润,CD8+T,幼稚,CD4+T,单核细胞,生物过程
AB值:
0.266547
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