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梅花鹿基因组微卫星分布特征研究
文献摘要：
为深入研究梅花鹿基因组中微卫星结构和特征,开发梅花鹿专用微卫星标记,本研究利用课题组前期测序、拼接和组装得到的梅花鹿基因组序列,搜索并分析了微卫星分布特征.在梅花鹿基因组中1～6bp碱基微卫星有354 766个,总长度为7696656bp,相对密度为3 229.89 bp/Mb,约占基因组总长度的0.31％.不同类型微卫星拷贝数量占比和大小分别为二碱基(80.33％)＞三碱基(9.86％)＞五碱基(4.25％)＞四碱基(3.64％)＞单碱基(1.58％)＞六碱基(0.32％).1～6 bp不同碱基类型微卫星的优势类别分别为A、TG、AGC、AAAT、ACTGA和TTCACT.将微卫星定位到了 33条染色体上,分布频率最高的是X染色体,其次是30号染色体,最低的是7号染色体,梅花鹿33条染色体序列长度与所含微卫星数量呈正相关(r=0.99,P＜0.000 1).梅花鹿基因组中16 bp碱基微卫星数量丰富,能够筛选出足够的微卫星标记,用于梅花鹿亲子鉴定、个体识别技术.
文献关键词：
梅花鹿;基因组;微卫星;分布特征
中图分类号：
作者姓名：
卢凯妹;王天骄;董世武;邢秀梅;苏伟林
作者机构：
中国农业科学院特产研究所,农业农村部特种经济动物遗传育种与繁殖重点实验室,吉林 长春 130112
文献出处：
引用格式：
[1]卢凯妹;王天骄;董世武;邢秀梅;苏伟林-.梅花鹿基因组微卫星分布特征研究)[J].特产研究,2022(06):8-15,23
A类：
6bp,7696656bp,ACTGA,TTCACT
B类：
梅花鹿,卫星结构,微卫星标记,研究利用,拼接,装得,基因组序列,碱基,总长度,相对密度,Mb,拷贝数,数量占比,基类,AGC,AAAT,卫星定位,分布频率,所含,卫星数量,亲子鉴定,个体识别
AB值：
0.227282
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