典型文献
黄连WRKY基因家族鉴定及表达分析
文献摘要:
目的 本研究使用生物信息学方法 鉴定黄连WRKY基因家族成员并对其表达模式进行分析,为进一步研究黄连WRKY基因家族的功能及其对黄连生物碱合成途径的调控机制提供参考.方法 利用HMMER、BLAST、TBtools、IQ-Tree等软件,ExPASy、WOLF PSORT、MEME在线网站等对黄连基因组中的WRKY基因家族进行鉴定、可视化分析和表达模式分析.结果 从黄连基因组中鉴定出了41个WRKY基因,其ORF长度为252-2796 bp,编码蛋白的氨基酸数量为84-931 aa,分子质量为9649.32-103620.60 Da,等电点为4.96-10.17,95%以上蛋白预测亚细胞定位于细胞核;41个CcWRKY(黄连WRKY)基因不均一地分布在9条染色体上;系统发育分析将41个CcWRKY蛋白分为3大类,第Ⅰ类有6个,第Ⅱ类有31个,第Ⅲ类有4个;同一类CcWRKY蛋白结构域高度保守,大多CcWRKY基因外显子数量为3-7,内含子数量为2-6.表达分析结果 为,除了保守结构域高度缺失的CcWRKY38、CcWRKY40外,所有的CcWRKY都至少在一个组织中有表达,且多数是特异性表达.结论 全面分析了黄连基因组中的WRKY基因家族,有助于进一步解析WRKY基因家族在黄连生物碱生物合成途径的调控机制.
文献关键词:
黄连;WRKY基因家族;基因鉴定;生物信息学分析;表达谱
中图分类号:
作者姓名:
刘微;蒋莉萍;池玉洁;刘义飞;陈士林;刘迪
作者机构:
湖北中医药大学药学院 武汉 430065;中国中医科学院中药研究所 北京 100700
文献出处:
引用格式:
[1]刘微;蒋莉萍;池玉洁;刘义飞;陈士林;刘迪-.黄连WRKY基因家族鉴定及表达分析)[J].世界科学技术-中医药现代化,2022(04):1369-1380
A类:
WOLF,CcWRKY,CcWRKY38,CcWRKY40
B类:
基因家族鉴定,表达分析,生物信息学方法,黄连生物碱,生物碱合成,调控机制,HMMER,BLAST,TBtools,IQ,Tree,ExPASy,PSORT,MEME,线网,表达模式分析,ORF,bp,编码蛋白,aa,分子质量,Da,等电点,亚细胞定位,细胞核,均一,系统发育分析,蛋白结构域,外显子,内含子,保守结构域,一个组,特异性表达,生物合成途径,基因鉴定,生物信息学分析,表达谱
AB值:
0.309371
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