典型文献
基于ITS2一级序列和二级结构对土茯苓及混伪品的鉴别研究
文献摘要：
目的:使中药材土茯苓与其混伪品得到有效区分,确保土茯苓药材临床用药安全.方法:采用内转录间隔区2(ITS2)一级序列联合二级结构信息鉴别土茯苓及其混伪品,收集土茯苓正品及混伪品30条ITS2序列,使用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMM)的方法注释,采用MEGA 7.0比对序列,基于Kimura-2-Parameter模型计算种内、种间的遗传距离,并构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统发育树;通过ITS2 Database预测各品种的ITS2二级结构,利用4Sale软件进行二级结构的比对,运用ProfDistS软件基于距离法构建联合一级序列及其二级结构的剖面邻接(profile neighbor joining,PNJ)系统发育树.结果:土茯苓的平均ITS2序列长度为245 bp,平均碱基G+C占比为82.8％,各物种种间遗传距离均显著大于种内遗传距离,NJ系统发育树和PNJ系统发育树的物种分支关系基本一致,土茯苓与其各种混伪品均分别各自聚为一支,可以有效鉴别土茯苓正品与混伪品.结论:ITS2可以作为鉴定土茯苓及其混伪品的DNA条形码,结合二级结构信息可使基于ITS2一级结构结果得到修正和优化,为中药材土茯苓临床安全应用和质量评价提供了参考.
文献关键词：
土茯苓;二级结构;DNA条形码;物种鉴定
中图分类号：
作者姓名：
郑梦迪;贺紫涵;张寒;张彦
作者机构：
西安医学院,陕西 西安 710021
文献出处：
引用格式：
[1]郑梦迪;贺紫涵;张寒;张彦-.基于ITS2一级序列和二级结构对土茯苓及混伪品的鉴别研究)[J].中国现代中药,2022(06):1026-1032
A类：
4Sale,ProfDistS,PNJ
B类：
ITS2,二级结构,土茯苓,混伪品,中药材,保土,临床用药,用药安全,内转录间隔区,结构信息,正品,隐马尔可夫模型,hidden,Markov,model,HMM,MEGA,Kimura,Parameter,种内,种间,遗传距离,邻接,接法,neighbor,joining,系统发育树,Database,基于距离,profile,bp,碱基,G+C,自聚,条形码,临床安全,安全应用,物种鉴定
AB值：
0.249495
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