典型文献
基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析
文献摘要：
旨在对甘薯耐盐转录组中潜在的SSR和SNP位点进行挖掘及特征分析,以完善甘薯分子标记.试验以不同耐盐甘薯品种的转录组序列为基础,利用MISA、GATK软件分析了转录本中的SSR和SNP信息.结果显示,研究共获得SSR位点33192个,分布在24323条Unigenes中,出现频率为21.11％.其中,6271条Unigenes含有超过1个以上的SSR位点.SSR类型以单核苷酸重复SSR和双核苷酸重复SSR为主.在重复基元中,A/T和AG/CT所占的比例最高,为优势基元.在157252条Unigenes中共挖掘到SNP位点7691906个,分布密度为0.08个/bp.其中转换类型有4729922个,颠换类型有2961984个.在所有突变类型中,C/T和A/G含量最高,分别为占总数的32.34％和29.15％.综上所述,甘薯转录组具有较丰富的SSR和SNP标记,多态性较高,可为甘薯抗逆品种筛选、种质培育等研究奠定理论基础.
文献关键词：
甘薯;盐胁迫;转录组;SSR;SNP
中图分类号：
作者姓名：
张小红;彭琼;鄢铮
作者机构：
福州市农业科学研究所,福州350018
文献出处：
引用格式：
[1]张小红;彭琼;鄢铮-.基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析)[J].农学学报,2022(11):55-61
A类：
B类：
耐盐,转录组测序,SSR,SNP,分子标记,甘薯品种,转录组序列,MISA,GATK,转录本,共获,Unigenes,单核苷酸,双核,基元,AG,分布密度,bp,综上所述,多态性,抗逆,品种筛选,盐胁迫
AB值：
0.310004
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