典型文献
苦荞全基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析
文献摘要：
苦荞是一种重要的杂粮作物.利用GenBank数据库中苦荞的8条染色体基因组序列进行SSR标记挖掘,并基于Primer 3.0设计SSR引物,筛选多态性高的引物进行遗传多样性评价.共检测到51 485个SSR位点,平均发生频率为114.07 Mb-1,二核苷酸重复型最多(78.20％),其次为三核苷酸重复型(17.76％).苦荞SSR中包含361种类型重复基元,具有碱基偏好性,优势基元为AT/TA(69.60％)、AAT/TTA(2.49％)和AGA/TCT(2.10％).序列长度变化范围为12～228 bp,长度12～20 bp的占比57.93％,长度大于20 bp的占比42.07％.SSR位点分布在每条染色体上的数量和种类特征较为一致,不同染色体能检出的SSR种类具有特异性.根据不同类型SSR位点设计并合成156对引物,筛选出17对多态性较高的引物用于遗传多样性分析,发现42份苦荞地方品种资源具有较高的多样性,美姑县的黑苦荞遗传多样性最高,布拖县的样品多数聚为同一分支,多样性显著低于美姑县和昭觉县的品种,西南种质库保存的野生苦荞与其他栽培品种明显分离.通过大量SSR的挖掘特别是染色体特异性SSR位点的挖掘,对苦荞种质资源的鉴定分析以及苦荞分子标记辅助育种有重要意义;遗传多样性检测也显示了 SSR分子标记的可用性,以及黑苦荞的遗传多样性水平,对苦荞遗传多样性保护研究提供了新的途径.
文献关键词：
苦荞;染色体;简单重复序列(SSR);遗传多样性
中图分类号：
作者姓名：
左茜茜;宋英杰;马心妍;杨云卉;王轶菲;郭泽光;朱雄智;刘越
作者机构：
中央民族大学民族地区生态环境国家民委重点实验室,北京100081;中央民族大学生命与环境科学学院,北京100081
文献出处：
引用格式：
[1]左茜茜;宋英杰;马心妍;杨云卉;王轶菲;郭泽光;朱雄智;刘越-.苦荞全基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析)[J].中国农业科技导报,2022(04):38-51
A类：
B类：
全基因组,SSR,遗传多样性分析,杂粮,粮作,GenBank,染色体基因,基因组序列,Primer,引物,多态性,多样性评价,发生频率,Mb,基元,碱基,偏好性,AAT,TTA,AGA,TCT,变化范围,bp,种类特征,并合,地方品种,品种资源,美姑县,黑苦荞,布拖县,昭觉县,种质库,栽培品种,种质资源,鉴定分析,分子标记辅助育种,可用性,遗传多样性保护,保护研究,简单重复序列
AB值：
0.318467
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