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大粒香水稻叶绿体基因组特征分析
文献摘要：
大粒香作为贵州重要的优质稻资源,推广种植面积大,并且在乡村振兴过程中为社会带来了较高的经济效益.然而,目前对大粒香基因组学的理论研究报道较少.为揭示大粒香水稻叶绿体基因组(cpDNA)特征及系统发育关系,该研究对大粒香叶绿体进行测序,并分析其基因组特征.结果表明:(1)大粒香水稻cpDNA全长134563 bp,包括1个大单拷贝区(LSC,80864 bp)、1个小单拷贝区(SSC,12347 bp)和2个反向重复序列区(IRs,20676 bp).(2)注释到129个基因,可分为蛋白编码、tRNA和rRNA三类基因,数量分别为85个、36个和8个.(3)密码子偏好分析显示,大粒香cpDNA密码子偏好A碱基或U(T)碱基,亮氨酸密码子使用了1944次,使用次数最多;半胱氨酸的密码子仅使用198次,使用次数最少.(4)检测到129个SSR,其中有95个单核苷酸重复且大部分SSR序列由A/T碱基组成.(5)系统发育分析结果显示,大粒香与热带粳稻亲缘关系最近,聚为一类.该研究结果揭示了大粒香叶绿体基因组信息,并确定了大粒香系统发育所属分支.
文献关键词：
水稻;大粒香;叶绿体基因;SSR;系统发育分析
中图分类号：
作者姓名：
吴朝昕;刘雪薇;李祖军;龙武华;宫彦龙;朱速松
作者机构：
贵州省农业科学院 水稻研究所,贵阳550006
文献出处：
引用格式：
[1]吴朝昕;刘雪薇;李祖军;龙武华;宫彦龙;朱速松-.大粒香水稻叶绿体基因组特征分析)[J].广西植物,2022(11):1830-1839
A类：
B类：
大粒香,香水,水稻,稻叶,叶绿体基因组,基因组特征,优质稻,种植面积,基因组学,cpDNA,系统发育关系,香叶,全长,bp,拷贝,LSC,SSC,重复序列,IRs,蛋白编码,tRNA,rRNA,密码子偏好,偏好分析,亮氨酸,使用次数,数最多,SSR,单核苷酸,碱基组成,系统发育分析,粳稻,亲缘关系,基因组信息
AB值：
0.263534
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