典型文献
16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析
文献摘要：
为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征.本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因ⅠA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81％～100％和99.23％～100％.与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001(蒙古国株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87％～99.81％和99.55％～99.95％;1条序列与HAJEF-K12(日本株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37％和99.91％.本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0％～0.03％;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18％～0.99％.16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选择压力,16条序列间及与参考序列间未发现基因重组.本研究表明我国存在多株HAV流行株,主要为基因ⅠA亚型;VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性.HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合,更有利于HAV溯源分析.
文献关键词：
甲型肝炎病毒;基因分型;全基因组序列
中图分类号：
作者姓名：
杜凤雪;周文亭;邱丰;尹文娇;曹经瑗;毕胜利
作者机构：
国家卫生健康委员会 医学病毒和病毒病重点实验室,北京102206;中国疾病预防控制中心 病毒病预防控制所,北京102206
文献出处：
引用格式：
[1]杜凤雪;周文亭;邱丰;尹文娇;曹经瑗;毕胜利-.16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析)[J].病毒学报,2022(06):1397-1404
A类：
Man12,HAJEF
B类：
甲型肝炎病毒,基因型,全基因组特征,VP1,2A,Hepatitis,virus,HAV,全基因组序列,序列特征,不同年份,甲肝,肝病,急性期,血清标本,基因分型,建系,系统进化树,氨基酸序列,序列同源性,GenBank,序列比较,蒙古国,K12,完全相同,序列差异,中和抗原表位,编码区,负向选择,选择压力,参考序列,基因重组,多株,全基因序列,基因序列分析,现场流行病学调查,溯源分析
AB值：
0.216751
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