典型文献
一株柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016的全基因序列分析
文献摘要：
对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016(简称V1641)全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点.设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列.利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列.V1641毒株基因组全长7 392nt,5'-UTR和3'-UTR分别长744nt和90nt,编码区长6 558nt,与其他CVB5相比未见核苷酸的插入和缺失,编码一个2185aa的多聚蛋白.CVB5流行株大体上分为两个基因组,中国大陆流行株同原型株Faulkner-起分布于Genogroup Ⅰ分支,外国流行株大多分布于Genogroup Ⅱ分支.在GenBank中,V1641与KY303900-417/JS-CHN-2013最为同源,相似性为97.86％.V1641与其他中国大陆流行株的全基因组序列的核苷酸和氨基酸相似性分别为85.1％～97.8％和97.1％～99.6％.V1641在P1、P2和P3区段均与EV-B不同血清型的原型株聚类,经SimPlot3.5.1软件验证,提示有重组事件发生.云南CVB5分离株V1641同中国大陆流行株一样属于Genogroup Ⅰ基因群,在进化过程中可能发生了重组.中国大陆可能存在多条CVB5传播链.
文献关键词：
柯萨奇病毒;全基因组;进化分析
中图分类号：
作者姓名：
许丹菡;郭伟;张名;冯昌增;丛山日;刘双芹;马绍辉
作者机构：
中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所,昆明650118;云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,昆明650118
文献出处：
引用格式：
[1]许丹菡;郭伟;张名;冯昌增;丛山日;刘双芹;马绍辉-.一株柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016的全基因序列分析)[J].病毒学报,2022(03):573-580
A类：
V1641,Geneious9,SimPlot3,392nt,744nt,90nt,558nt,2185aa,Genogroup,KY303900
B类：
一株,柯萨奇病毒,分离株,YN,CHN,全基因序列,基因序列分析,昆明市,手足口病,引物,拼接,接获,全基因组序列,MEGA7,毒株,基因组全长,UTR,编码区,区长,CVB5,多聚,大体上,中国大陆,Faulkner,GenBank,JS,P1,P2,P3,区段,EV,血清型,软件验证,多条,传播链,进化分析
AB值：
0.248523
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