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崖壁植物太行菊与长裂太行菊全基因组大小及特征分析
文献摘要：
太行菊(Opisthopappus taihangensis)、长裂太行菊(O.longilobus),为太行山特有多年生崖壁草本植物,菊科(Compositae)重要野生资源,具有较高的经济与生态价值.为确定适合两物种的全基因组测序策略,该研究利用流式细胞法和高通量测序技术,分析两物种基因组大小、杂合率、重复序列及GC含量等信息.结果表明:(1)流式细胞法估算太行菊基因组大小约为2.1 Gb,长裂太行菊基因组大小约为2.4 Gb.(2)高通量测序修正后太行菊基因组大小为3.13 Gb,重复序列比例为84.35％,杂合度为0.99％,GC含量为36.56％;长裂太行菊基因组为3.18 Gb,重复序列比例为83.83％,杂合度为1.17％,GC含量为36.62％.(3)初步组装后GC含量分布及平均深度存在异常,出现分层现象,可能是两物种基因组杂合率较高所致.综上结果表明,太行菊、长裂太行菊均属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组,建议使用Illumina+PacBio测序组装策略,进行全基因组测序分析.
文献关键词：
太行菊;长裂太行菊;基因组调查;基因组大小;高通量测序
中图分类号：
作者姓名：
王祎玲;臧恩;张昊;刘志霞;兰亚飞;何珊;郝伟丽;曹艳玲
作者机构：
山西师范大学 生命科学学院, 太原 030031
文献出处：
引用格式：
[1]王祎玲;臧恩;张昊;刘志霞;兰亚飞;何珊;郝伟丽;曹艳玲-.崖壁植物太行菊与长裂太行菊全基因组大小及特征分析)[J].广西植物,2022(09):1582-1589
A类：
长裂太行菊,Opisthopappus,taihangensis,longilobus,Illumina+PacBio
B类：
崖壁,基因组大小,太行山,多年生,草本植物,菊科,Compositae,野生资源,生态价值,研究利用,流式细胞法,高通量测序技术,杂合率,重复序列,Gb,杂合度,分层现象,全基因组测序分析,基因组调查
AB值：
0.150419
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