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金花菜与苜蓿属主要物种基因组SSR分布特征的比较分析
文献摘要：
[目的]分析金花菜基因组SSR序列的分布特征,并与苜蓿属主要物种进行比较,为金花菜SSR分子标记的开发提供理论依据.[方法]利用MISA软件对金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的高质量基因组进行搜索,比较分析搜索到的SSR序列分布特征.[结果]在金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的基因组中,分别筛选到195753个,242434个和390496个完整的SSR序列,相对密度分别为428、564和478个/Mb,SSR序列的总长度分别为3611698、3657503和6307211 bp,占各自基因组序列总长度的0.79％、0.85％和0.77％.在1～6个不同核苷酸重复单元中,金花菜和蒺藜苜蓿的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多,依次是二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,而紫花苜蓿的六核苷酸重复单元多于五核苷酸重复单元.A、T、AT、TA、AG和TC是3种苜蓿共有的常见重复单元类型,金花菜基因组低片段长度的SSR比例高于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿.[结论]金花菜基因组SSR的分布密度低于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿,重复单元类型较丰富,具有较大的多态性标记开发潜力.
文献关键词：
金花菜;蒺藜苜蓿;紫花苜蓿;基因组;SSR
中图分类号：
作者姓名：
周勃;任海龙;张龑;高强;徐麟;邹集文
作者机构：
新疆农业科学院海南三亚农作物育种试验中心,海南三亚 572014;广州市农业科学研究院,广州 510308;新疆农业科学院农作物品种资源研究所,乌鲁木齐 830091
文献出处：
引用格式：
[1]周勃;任海龙;张龑;高强;徐麟;邹集文-.金花菜与苜蓿属主要物种基因组SSR分布特征的比较分析)[J].新疆农业科学,2022(09):2217-2223
A类：
B类：
金花菜,苜蓿属,SSR,分子标记,MISA,蒺藜苜蓿,紫花苜蓿,相对密度,Mb,总长度,bp,基因组序列,单核苷酸,六核,AT,TA,AG,单元类型,段长度,分布密度,多态性,标记开发,开发潜力
AB值：
0.16668
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