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云南省柯萨奇病毒A组6型全基因组特征分析
文献摘要：
目的 分析2015年云南省4株柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)分离株的全基因组特征.方法 取手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本,制备悬液,接种至人横纹肌肉瘤细胞,CV-A6致细胞病变(CPE)后,收集病毒液,提取RNA,经RT-PCR分段扩增获得全基因组片段,并进行测序.采用Geneious 9.1.4和Mega 7.0、Simplot等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列比对、系统进化及重组分析,并构建系统进化树.结果 4株CV-A6分离株之间核苷酸和氨基酸序列一致性分别为94.8％～97.9％和97.3％～98.4％,与近几年国内流行的CV-A6株核苷酸和氨基酸序列一致性分别为94.6％～97.9％和 97.4％～99.1％;分离株在5'UTR、2A、2C、3A、3D、3'UTR区可能存在与毒力和临床表型相关的12个位点.结论 4株云南分离株属于CV-A6血清型,为D3a基因亚型.
文献关键词：
柯萨奇病毒A组6型;全基因组;序列分析
中图分类号：
作者姓名：
张名;冯昌增;刘红波;王晓辉;许丹菡;丛山日;何陆涛;张光贤;马绍辉
作者机构：
中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,云南昆明650118
文献出处：
引用格式：
[1]张名;冯昌增;刘红波;王晓辉;许丹菡;丛山日;何陆涛;张光贤;马绍辉-.云南省柯萨奇病毒A组6型全基因组特征分析)[J].中国生物制品学杂志,2022(08):922-927
A类：
B类：
柯萨奇病毒,全基因组特征,Coxsackievirus,A6,CV,分离株,手足口病,hand,foot,mouth,disease,HFMD,粪便样本,横纹肌肉瘤,致细胞病变,CPE,毒液,Geneious,Mega,Simplot,氨基酸序列比对,重组分析,建系,系统进化树,序列一致性,内流,UTR,2A,2C,3A,毒力,临床表型,个位,血清型,D3a,基因亚型,序列分析
AB值：
0.38687
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