典型文献
基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路
文献摘要：
为研究干旱胁迫对番茄生长的影响,本研究利用生物信息学分析方法筛选番茄干旱胁迫的关键基因,通过检索GEO数据库中关于番茄干旱胁迫的基因芯片数据,获取GSE39894和GSE106317两个数据集矩阵数据,利用GEO2R分析工具进行差异表达基因筛选,应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO功能分析和KEEG通路富集分析,运用STRING数据库和Cystoscopes软件构建差异表达基因的蛋白互作网络,并使用MCODE及Cytohubba插件筛选出参与干旱胁迫的最显著模块及关键基因.本实验筛选出1583个差异表达基因,其中748个上调基因,835个下调基因,GO功能分析和KEEG通路富集分析表明,这些差异基因在代谢通路、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、苯丙烷生物合成等方面显著富集,蛋白互作网络分析筛选出K4C9D8_SOLLC、K4B0Q1_SOLLC、CB13_SOLLC、PSBP_SOLLC、K4BCF4_SOLLC等10个关键基因,这些差异表达基因很可能是番茄干旱胁迫潜在的生物标志物.
文献关键词：
GEO数据库;番茄;干旱胁迫;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
杨巍;唐兵;周麟笔;马关鹏;谭国飞;瞿飞;王天文;曾庆鸿;王洪亮;邓英
作者机构：
贵州省农业科学院园艺研究所,贵州 贵阳550000;贵州省园艺工程技术研究中心,贵州贵阳550006;贵州省农业科技发展中心,贵州贵阳550000
文献出处：
引用格式：
[1]杨巍;唐兵;周麟笔;马关鹏;谭国飞;瞿飞;王天文;曾庆鸿;王洪亮;邓英-.基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路)[J].山东农业大学学报（自然科学版）,2022(03):355-361
A类：
GSE39894,GSE106317,Cystoscopes,K4C9D8,SOLLC,K4B0Q1,CB13,PSBP,K4BCF4
B类：
数据库分析,干旱胁迫,关键基因,番茄生长,研究利用,利用生物,生物信息学分析,基因芯片,GEO2R,差异表达基因,基因筛选,DAVID,功能分析,KEEG,通路富集分析,STRING,软件构建,MCODE,Cytohubba,插件,差异基因,代谢通路,次生代谢产物,生物合成,植物激素,激素信号,信号转导,苯丙烷,蛋白互作网络分析,生物标志物
AB值：
0.203241
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