典型文献
基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释
文献摘要：
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SM RT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析.结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61057个全长一致性读段(unigenes),其中有54099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60％;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144～6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族.
文献关键词：
水杉;单分子测序技术;全长转录组;基因;功能注释
中图分类号：
作者姓名：
刘小红
作者机构：
西华师范大学生命科学学院,四川 南充 637002;西南野生动植物资源保护教育部重点实验室,四川 南充 637002
文献出处：
引用格式：
[1]刘小红-.基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释)[J].湖南农业大学学报（自然科学版）,2022(01):27-32
A类：
subreads
B类：
SMRT,水杉,转录组分析,基因功能注释,幼嫩,植株,文库构建,转录本,转录组数据,建库,全长转录组测序,共获,Gb,控制处理,嵌合,合读,去冗,冗余处理,unigenes,比达,CDS,coding,sequence,nt,平均长度,单分子测序技术
AB值：
0.317644
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