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毛竹扩展蛋白基因韵鉴定及其表达分析
文献摘要：
为全面了解毛竹中扩展蛋白的分子特征和表达模式,本研究利用生物信息学方法在毛竹基因组中共鉴定出43个扩展蛋白基因家族成员,属于4个亚家族(EXPA、EXPB、EXLA和EXLB),分别包含18、17、7和1个成员,分布在37个Scaffold上.除PeEXPA1没有内含子和PeEXLB1含有11个内含子外,其它毛竹扩展蛋白基因的内含子为1～5个.毛竹扩展蛋白基因编码蛋白长度为91～508个氨基酸,所有的氨基酸都具有高频密码子,大部分蛋白为碱性亲水性蛋白.大部分毛竹扩展蛋白二级结构中β转角占比例最少,而β折叠占比例最大,各亚家族多数成员具有类似的三级结构.qRT-PCR结果表明,18个EXPA亚家族成员在不同组织表达存在明显差异,除PeEXPA2、PeEXPA6外其它基因表达的最高值均出现在叶片中,表明它们可能在叶片生长过程中发挥着重要作用.
文献关键词：
毛竹;扩展蛋白基因;生物信息学;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
马霜;王博雅;曹颖;胡尚连;高志民
作者机构：
西南科技大学生命科学与工程学院,绵阳621000;国家林业和草原局/北京竹藤科学与技术重点开放实验室,国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所,北京100102
文献出处：
引用格式：
[1]马霜;王博雅;曹颖;胡尚连;高志民-.毛竹扩展蛋白基因韵鉴定及其表达分析)[J].植物研究,2022(01):29-38
A类：
EXPA,EXPB,EXLA,EXLB,PeEXPA1,PeEXLB1,PeEXPA2,PeEXPA6
B类：
毛竹扩展,扩展蛋白基因,表达分析,分子特征,表达模式,研究利用,利用生物,生物信息学方法,基因家族,亚家族,Scaffold,内含子,基因编码,编码蛋白,高频密码子,亲水性,蛋白二级结构,折叠,数成,三级结构,qRT,不同组织,组织表达,最高值,叶片生长,生长过程
AB值：
0.22256
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