背景 目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键.目的 整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程.设计流程开发.方法(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统(复旦流程3.0)各个模块:①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析.(2)代表性病例重测分析:根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况.主要结局指标代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断.结果 对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式.例1:ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2:线粒体MT-ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5％;例3:SMN1基因纯合致病变异NM_000344:c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失.结论 复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力.

高通量测序;外显子捕获测序;全基因组测序;一体化流程;遗传诊断

陈宾;董欣然;王慧君;吴冰冰;杨琳;王潇;王雅琼;倪琦;李川;周文浩;卢宇蓝

复旦大学附属儿科医院, 新生儿科 上海,201102;复旦大学附属儿科医院 分子诊断中心 上海,201102;复旦大学附属儿科医院 临床遗传中心 上海,201102;复旦大学附属儿科医院 内分泌科 上海,201102

中国循证儿科杂志

[1]陈宾;董欣然;王慧君;吴冰冰;杨琳;王潇;王雅琼;倪琦;李川;周文浩;卢宇蓝-.复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统及临床应用案例分析)[J].中国循证儿科杂志,2022(03):202-209

FastQ,1294C,4q21,14459G,863G

复旦大学,儿科医院,序数,数据一体化,应用案例,遗传诊断,子组,ES,全基因组测序,WGS,性价比,变异检测,检测范围,建库,整合性,诊断流程,诊断敏感性,检测效率,变异类型,类型分析,遗传病,临床表型,遗传变异分析,临床检测,请到,传报,一体化流程,设计流程,流程开发,复核,基因型,联合分析,结论性,草稿,运行情况,结局指标,病例分析,数据质控,家系,先证者,BAM,经解,遗传模式,ANTXR2,基因点突变,NM,kb,结构变异,MT,ND6,致病变异,SMN1,拷贝,高效处理,处理能力,外显子捕获测序

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