典型文献
PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析
文献摘要：
目的 应用生物信息学技术分析PDLIM2对前列腺癌(PCa)预后的影响,并深度挖掘其基因功能.方法 利用UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱PCa数据,分析并验证PCa组织与癌旁正常组织中PDLIM2表达差异,比较PDLIM高、低表达组患者总生存期(OS)和无进展生存期(PFS).利用Linked Omics数据库对PDLIM2共表达基因进行基因本体富集分析,利用相关数据库基因模块分析PDLIM2与肿瘤免疫细胞浸润程度、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、免疫检查点(ICP)基因表达及肿瘤干性评分的相关性.结果 与癌旁正常组织相比,PCa组织中PDLIM2 mRNA表达水平较低(P<0.05),而PDLIM2启动子区域甲基化水平较高(P<0.05);且PCa组织中PDLIM2 mRNA表达水平与Gleason评分、分子分型均有关(均P<0.05).生存分析显示,PDLIM2高表达者PFS明显短于PDLIM2低表达者(P<0.05);而PDLIM2高、低表达者OS比较,差异无统计学意义(P>0.05).PDLIM2 mRNA表达与TSPAN4、LGALS1、GAS6、GYPC、LYL1等12198个基因均呈正相关(均P<0.05),与SMARCC1、HOOK1、ZNF24、DNAJC16、FOXA1等7852个基因均呈负相关(均P<0.05).与PDLIM2相关的基因主要富集在胶原代谢过程、整合素介导的信号通路、体液免疫反应、白细胞迁移、IFN-γ产生、急性炎症反应、血管生成等生物学过程.PCa组织中PDLIM2 mRNA表达水平与肿瘤免疫细胞浸润程度、TMB、MSI、38个ICP基因表达及肿瘤干性评分均呈正相关(均P<0.05).结论 PDLIM2可能成为评估PCa预后的生物学标志物和肿瘤免疫治疗的新靶点.
文献关键词：
PDLIM2;前列腺癌;生物信息学;免疫浸润
中图分类号：
作者姓名：
朴松哲;郑兰;王鑫;何浩辉;柯莽
作者机构：
317000 温州医科大学附属台州医院泌尿外科;317000 温州医科大学附属台州医院妇产科
文献出处：
引用格式：
[1]朴松哲;郑兰;王鑫;何浩辉;柯莽-.PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析)[J].浙江医学,2022(09):931-934,后插2-后插3
A类：
PDLIM2,PDLIM,TSPAN4,GYPC,LYL1,HOOK1,DNAJC16
B类：
前列腺癌,预后影响,生物信息学分析,生物信息学技术,PCa,深度挖掘,基因功能,UCSC,Xena,下载,癌症基因组图谱,癌旁,正常组织,表达差异,低表达,总生存期,OS,无进展生存期,PFS,Linked,Omics,共表达基因,基因本体,富集分析,肿瘤免疫细胞浸润,浸润程度,肿瘤突变负荷,TMB,微卫星不稳定性,MSI,免疫检查点,ICP,肿瘤干性,启动子区域甲基化,甲基化水平,Gleason,分子分型,生存分析,LGALS1,GAS6,SMARCC1,ZNF24,FOXA1,胶原代谢,代谢过程,整合素,体液免疫,免疫反应,白细胞迁移,IFN,急性炎症,血管生成,生物学过程,生物学标志物,肿瘤免疫治疗,新靶点,免疫浸润
AB值：
0.295095
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