典型文献
基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析
文献摘要：
以香菇基因组数据为基础,对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析.香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66％,同义密码子第3位中碱基T(T3s)的出现频率最高(36.07％),同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平;相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关;香菇基因组编码序列中共29个高频密码子,结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子;偏好性形成影响因素分析表明,香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响.本研究可以为采后香菇关键基因功能解析,开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考.
文献关键词：
香菇;细胞核基因组;密码子偏好性;影响因素;最优密码子
中图分类号：
作者姓名：
邓冰;贾鸥阳;杨雨娴;孟俊龙;常明昌;刘靖宇
作者机构：
山西农业大学食品科学与工程学院,山西 晋中 030801;山西省食用菌工程技术研究中心,山西 晋中 030801;黄土高原食用菌山西省重点实验室,山西 晋中 030801
文献出处：
引用格式：
[1]邓冰;贾鸥阳;杨雨娴;孟俊龙;常明昌;刘靖宇-.基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析)[J].保鲜与加工,2022(08):8-15
A类：
细胞核基因组,T3s,C3s
B类：
转录组,香菇,密码子偏好性,偏好性分析,基因组数据,形成因素,编码基因,同义密码子,碱基,高表达基因,GC3s,CAI,编码序列,高频密码子,低表达,最优密码子,选择压力,关键基因,基因功能,功能解析,采后品质,品质劣变
AB值：
0.210828
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