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深圳市一株境外输入新型冠状病毒C.1.2变异株的分子特征分析
文献摘要：
为了了解境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异株的分子特征,本研究对2021年6月深圳市一株从南非输入的SARS-CoV-2毒株进行了全基因组测序和序列分析.Illumina测序技术获得的SARS-CoV-2毒株基因组长度为29567nt.根据"Pango lineages"分型法,本研究测定的毒株属于C.1.2系,该谱系属世界卫生组织定义的监测变异株(Variants Under Monitoring,VUM)成员之一.与参考株 Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,本研究 C.1.2系毒株共出现了 58个核苷酸变异位点,其中56个变异位点位于编码区.氨基酸变异位点共有33个,氨基酸变异位点分布于6个开放阅读框,变异数由多到少依次为:S蛋白区12个,ORFlab蛋白区9个,ORF3a蛋白区2个,M区2个,ORF8区2个,E区1个.本研究测定的SARS-CoV-2毒株属我国大陆首例境外输入的C.1.2变异株.开展境外输入的SARS-CoV-2毒株基于基因组测序的分子监测,对防控由境外输入的SARS-CoV-2变异株引起本地新型冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发与流行具有重要意义.
文献关键词：
SARS-CoV-2;C.1.2变异株;深圳地区;基因组序列
中图分类号：
作者姓名：
屈雅丽;陈龙;许文波;张仁利;聂凯;牛培华;陈建成;冯晔囡;武伟华;彭博;魏欣仪;李诗敏;吕秋莹;李玥;邓少玉;胡贵方;何雅青
作者机构：
南方医科大学公共卫生学院流行病学系,广州510515;深圳市疾病预防控制中心病原生物研究所,深圳518055;中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;深圳市疾病预防控制中心传染病预防控制所,深圳5180553
文献出处：
引用格式：
[1]屈雅丽;陈龙;许文波;张仁利;聂凯;牛培华;陈建成;冯晔囡;武伟华;彭博;魏欣仪;李诗敏;吕秋莹;李玥;邓少玉;胡贵方;何雅青-.深圳市一株境外输入新型冠状病毒C.1.2变异株的分子特征分析)[J].病毒学报,2022(02):278-283
A类：
29567nt,VUM
B类：
一株,境外输入,变异株,分子特征,了了,SARS,CoV,南非,毒株,全基因组测序,序列分析,Illumina,技术获得,组长,Pango,lineages,世界卫生组织,Variants,Under,Monitoring,Wuhan,Hu,NC,共出,核苷酸变异位点,编码区,氨基酸变异,开放阅读框,异数,白区,ORFlab,ORF3a,ORF8,首例,深圳地区,基因组序列
AB值：
0.31658
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