典型文献
基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析
文献摘要：
[目的]基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析.[方法]对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析.[结果]黄地老虎转录组数据库包含66469条Unigene序列.利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4438个,分布于4048条Unigene序列上,占总序列的6.09％.其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73％和29.29％.A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元.SSR基元包含4～24次重复,以5次重复(21.67％)为主.SSR位点序列长度为12～127 bp,包含3493个中等多态性位点、820个高度多态性位点.利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型(237619个)和颠换类型(133529个)共371148个.C/T占SNP位点总数的18.61％,比率最高;G/A位居其次(18.28％),均属于转换类型.转换类型(64.02％)显著高于颠换类型(35.98％).[结论]黄地老虎转录组数据库中SSR位点分布频率较高、种类较多且多态性丰富,转换类型是主要的SNP变异类型,可为今后开展黄地老虎种群遗传结构与分化、遗传进化关系、迁飞规律及该害虫综合防治等研究提供重要科学依据.
文献关键词：
黄地老虎;转录组;微卫星;简单重复序列;单核苷酸多态性
中图分类号：
作者姓名：
常虹;高燕;王思威;王潇楠;刘艳萍;孙海滨
作者机构：
广东省农业科学院植物保护研究所/广东省植物保护新技术重点实验室,广东 广州 510640
文献出处：
引用格式：
[1]常虹;高燕;王思威;王潇楠;刘艳萍;孙海滨-.基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析)[J].广东农业科学,2022(02):118-125
A类：
B类：
黄地老虎,转录组测序,SSR,SNP,位点信息,Illumina,MISA,GATK,点特征,特征信息,转录组数据,Unigene,列上,总序,碱基,总重,重复类型,基元,bp,多态性位点,分布频率,变异类型,种群遗传结构,遗传进化,进化关系,迁飞,害虫综合防治,微卫星,简单重复序列,单核苷酸多态性
AB值：
0.250985
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