典型文献
基于重测序的短节间番茄品系变异检测分析
文献摘要：
为揭示短节间番茄的基因变异类型及基因变异对代谢通路的影响,以短节间番茄品系CH和普通节间长度番茄品系DH进行农艺性状分析以及全基因组重测序,对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)、小片段插入和缺失(insertion-deletion,InDel)、拷贝数变异(copy number variation,CNV)及染色体结构变异(structural variation,SV)4种变异类型进行检测注释.结果表明,在2个样本中共检测到1 086 531个SNP、277 973个InDel、25 797个CNV、33 516个SV,在代谢通路中主要集中于吲哚生物碱生物合成、二萜生物合成、莽草酸途径生物碱的生物合成中发现.以SNP以及InDel中的基因作为切人点,挖掘到3个变异基因,其在CH中的相对表达量均低于DH.研究结果明确了变异位点信息,为进一步明确调控番茄节间长度相关基因的研究奠定了基础.
文献关键词：
番茄;节间;重测序;变异检测
中图分类号：
[1]
农业科学（S）
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植物保护（S4）
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病虫害及其防治（S43）
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园艺作物病虫害及其防治（S436）
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蔬菜病虫害（S436.3）
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茄果类病虫害（S436.41）
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番茄病虫害（S436.412）
作者姓名：
李毅丰;姜悦畅;孙中锋;王帅;唐贝贝;师海林;张宁;王玉斌;毛秀杰
作者机构：
河北科技师范学院园艺科技学院,河北秦皇岛066004;河北省特色园艺种质挖掘与创新利用重点实验室,河北秦皇岛066004;河北省承德市农业农村局,河北承德067000
文献出处：
引用格式：
[1]李毅丰;姜悦畅;孙中锋;王帅;唐贝贝;师海林;张宁;王玉斌;毛秀杰-.基于重测序的短节间番茄品系变异检测分析)[J].江苏农业科学,2022(13):58-63
A类：
B类：
番茄,品系,变异检测,检测分析,基因变异,变异类型,代谢通路,CH,节间长度,DH,农艺性状,性状分析,全基因组重测序,单核苷酸多态性,single,nucleotide,polymorphism,SNP,小片,insertion,deletion,InDel,拷贝数变异,copy,number,variation,CNV,染色体结构变异,structural,SV,吲哚生物碱,生物合成,二萜,莽草酸途径,异基因,相对表达量,变异位点,位点信息
AB值：
0.36959
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