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典型文献
2011—2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征分析
文献摘要:
目的:研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法:利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果:2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例,以1~2岁幼儿(28/35)为主,男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示,福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型,即C1和D1基因亚型,仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型,其余27株为D1基因亚型。其中,4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支,另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7 393~7 402bp之间,VP1区核苷酸序列与CV-A2原型株相似性为80.3%~81.7%,其他各片段与CV-A2原型株相似性72.7%~86.2%。P2区进化树显示6株分离株与柯萨奇病毒A4型(coxackievirus A4, CV-A4)进化距离较近。P3区进化树显示,2011FJFZ027与柯萨奇病毒A6型(coxackievirus A6, CV-A6)分离株、2012FJQZ311与柯萨奇病毒A14型(coxackievirus A14, CV-A14)分离株、2020FJPTN040与柯萨奇病毒A8型(coxackievirus A8, CV-A8)分离株进化距离近。重组分析显示,分离株2011FJFZ027、2012FJQZ311、2020FJPTN040在非结构蛋白区分别可能与CV-A6(GenBank登录号:KR706309)、CV-A14(GenBank登录号:KP036482)、CV-A8(GenBank登录号:KM609475、MT648786)流行株发生重组。结论:2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2流行强度呈现散发形式,D1基因亚型CV-A2在福建省内持续流行,从2011—2012年以D1基因亚型cluster 1分支为主转变为2012年以后的D1基因亚型cluster 2分支;福建省CV-A2流行株重组频繁,存在多种重组模式。
文献关键词:
手足口病;柯萨奇病毒A2型;系统进化分析;重组分析
作者姓名:
朱颖;陈炜;何文祥;翁育伟
作者机构:
福建省疾病预防控制中心 福建省人兽共患病研究重点实验室,福州 350012
引用格式:
[1]朱颖;陈炜;何文祥;翁育伟-.2011—2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征分析)[J].中华实验和临床病毒学杂志,2022(04):417-423
A类:
coxackievirus,2019FJPT064,402bp,2011FJFZ027,2012FJQZ311,2020FJPTN040,KR706309,KP036482,KM609475,MT648786
B类:
手足口病,柯萨奇病毒,A2,分子流行病学,流行病学特征分析,hand,foot,mouth,disease,HFMD,CV,病毒基因组,基因组特征,描述性流行病学方法,疾病预防控制中心,中心实验室,Mega,Simplot,一代测序,VP1,二代测序,全基因组,系统进化分析,重组分析,男女性,性别比,系统进化树,基因亚型,C1,D1,分离株,cluster,毒株,组长,P2,A4,进化距离,P3,A6,A14,A8,非结构蛋白,白区,GenBank,登录号,流行强度,续流,株重,重组模式
AB值:
0.208188
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