典型文献
小鼠动静脉内瘘增生狭窄的差异基因测序比对分析
文献摘要：
目的:构建小鼠颈内动静脉内瘘（arteriovenous fistula，AVF）模型，筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因，分析研究参与AVF内膜增生狭窄的异常表达信号通路及作用机制。方法:选取雄性C57BL/6小鼠46只，按简单随机法分为AVF组和假手术组，每组23只。AVF组行小鼠颈内AVF成形术，假手术组分离右侧颈外静脉、颈总动脉后缝合切口。应用转录组学可逆链终止物和合成测序法测定AVF内膜增生狭窄小鼠全基因组序列，建立微阵列数据集；应用基因芯片数据分析多重假设检验校正（Benjamini & Hochberg法）筛选AVF增生狭窄过程中的差异表达基因；利用R语言富集分析筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因，并对差异表达基因及信号通路进行基因本体（gene ontology，GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）富集分析；应用多样性增量分析BUSCA软件进行AVF增生狭窄差异表达基因亚细胞定位；应用STRING数据库及Cytoscape软件进行差异表达基因的蛋白网络互作可视化分析。结果:AVF组造模成功21只，失败2只，故最终AVF组21只，假手术组亦仅执行手术操作21只。小鼠颈内AVF模型创新采用连续-间断缝合法，提高了此模型建模的成功率。差异基因测序比对分析显示，AVF增生狭窄过程中差异表达基因2 514个，其中上调基因1 323个，下调基因1 191个；GO功能富集分析显示，差异基因主要富集在代谢过程、活性激活、氧化还原及线粒体等；KEGG通路富集分析显示，差异富集在代谢、能量物质合成、糖尿病、氧化应激等相关信号通路；亚细胞定位统计分析显示，差异蛋白主要在线粒体蛋白（24.24%）、胞质蛋白（17.51%）、细胞核蛋白（13.13%）、细胞膜蛋白（11.45%）、细胞外蛋白（10.77%）。结论:线粒体氧化应激损伤可能参与AVF内膜增生狭窄的病理损害过程。
文献关键词：
动静脉瘘;血管内膜;缩窄，病理性;富集分析;差异基因表达
中图分类号：
作者姓名：
张艾莎;隋晓露;张燕子;许云鹏;谢婷妃;袁树珍;曾启城;邹杰锋;陈继红
作者机构：
深圳大学第二附属医院肾内科，深圳 518000
文献出处：
引用格式：
[1]张艾莎;隋晓露;张燕子;许云鹏;谢婷妃;袁树珍;曾启城;邹杰锋;陈继红-.小鼠动静脉内瘘增生狭窄的差异基因测序比对分析)[J].中华肾脏病杂志,2022(08):699-709
A类：
内膜增生狭窄,BUSCA
B类：
动静脉内瘘,基因测序,比对分析,颈内,arteriovenous,fistula,AVF,差异表达基因,异常表达,达信,C57BL,假手,成形术,颈外静脉,颈总动脉,转录组学,链终止,窄小,全基因组序列,微阵列数据,基因芯片,假设检验,Benjamini,Hochberg,基因本体,ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,encyclopedia,genes,genomes,亚细胞定位,STRING,Cytoscape,蛋白网络,手术操作,间断缝合法,功能富集分析,代谢过程,氧化还原,通路富集分析,差异富集,能量物质,差异蛋白,细胞核,核蛋白,细胞膜,膜蛋白,线粒体氧化应激,氧化应激损伤,害过,动静脉瘘,血管内膜,缩窄,病理性,差异基因表达
AB值：
0.271036
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