典型文献
基于生物信息学的糖尿病肾脏疾病上皮间充质转化的差异基因表达及中药预测研究
文献摘要：
目的 本研究基于生物信息学分析糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease,DKD)患者与健康人群之间的基因芯片数据,筛选DKD上皮间充质转化的差异表达基因,从而探讨其相关发病机制,进而预测治疗DKD的潜在中药.方法 从基因表达数据库下载GSE23338芯片数据,采用R语言筛选相关差异表达基因,并对差异基因进行基因本体论、京都基因与基因组百科全书数据库分析,通过STRING网站构建蛋白互作网络,运用Cytoscape软件及其插件分析得到差异基因的核心基因,将核心基因与医学本体信息检索平台相互映射,筛选治疗DKD的相关中药.结果 筛选出差异基因187个,其中上调基因94个,下调基因93个.其通路富集结果主要包括肿瘤坏死因子信号通路、TGF-β信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等.筛选得到关键核心基因主要包括FN1、TGFB1、COL1A1、SERPINE1、SNAI2、THBS1、MMP1、CDH2、JAG1、VCAM1.筛选获得相关治疗中药主要包括黄芪、车前草、积雪草、黄连、黄芩、三七等.结论 本研究对差异表达基因和关键核心基因的分析促进了对DKD发病机制的理解,为在治疗DKD中药方面的新药开发提供了潜在基因靶标与研发思路.
文献关键词：
糖尿病肾脏疾病;上皮间充质转化;差异表达基因;中草药;计算生物学
中图分类号：
作者姓名：
刘武;高艺玮;周一;于芳宁;张宁
作者机构：
中国中医科学院望京医院,北京100102;北京中医药大学研究生院,北京100102
文献出处：
引用格式：
[1]刘武;高艺玮;周一;于芳宁;张宁-.基于生物信息学的糖尿病肾脏疾病上皮间充质转化的差异基因表达及中药预测研究)[J].临床肾脏病杂志,2022(11):881-888
A类：
GSE23338
B类：
糖尿病肾脏疾病,上皮间充质转化,差异基因表达,中药预测,预测研究,生物信息学分析,diabetic,kidney,disease,DKD,健康人群,基因芯片,差异表达基因,基因表达数据库,下载,选相,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,数据库分析,STRING,蛋白互作网络,Cytoscape,插件,核心基因,信息检索,检索平台,互映,出差,通路富集,集结,肿瘤坏死因子信号通路,糖尿病并发症,RAGE,选得,FN1,TGFB1,COL1A1,SERPINE1,SNAI2,THBS1,MMP1,CDH2,JAG1,VCAM1,黄芪,车前草,积雪草,黄连,黄芩,三七等,中药方,新药开发,靶标,研发思路,中草药,计算生物学
AB值：
0.407704
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