目的 基于基因芯片技术探讨短发夹RNA沉默人结直肠癌细胞DNA结合蛋白A(dbpA)表达后利用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现与dbpA相关的结直肠癌发生、发展的信号通路.方法 选取结直肠癌SW620细胞中表达差异的基因进行深度检测和分析,采用基因芯片技术挖掘差异基因,并运用定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)对芯片结果进行验证,综合分析工具进行GO功能富集分析及KEGG信号通路分析.结果 dbpA敲低后基因芯片检测差异表达基因有578条,其中181个基因上调,397个基因下调,显著上调基因有CFL2、C12orf39、EREG、SESN2、CXCL3、CXCL1、VLDVR、DDIT4、INH-BE等60个基因,显著下调基因在PRDM10、PCDH19、SRSF8、FGFBP1、TFF2、MTDH、TCF7、EHHADH、WDR77、CEACAM6等60个基因.dbpA敲除后SW620细胞中与肿瘤形成有关的通路主要与"生物过程"有关,包括丝裂原活化蛋白激酶信号通路、癌症途径、NOD样受体信号通路、趋化因子信号通路、粘着斑、基底细胞癌、Wnt信号通路等.基因网络图分析显示有10个基因表达水平下降(FASLG、PDGFA、FGF18、MAP3K7、FGF3、CSDA、NF1、RAP1A、HSPA1A、LAMTOR3等),4个基因表达水平上升(DUSP5、PRAS2、CDC42、DUSP2等),dbpA与MAPK信号通路相关性最大.选择KMAPK信号通路中的5个相关基因即RAPIA、TAK1(MAP3K7)、DUSP5、CDC42、ZAK进行Western blot验证表明,DUSP5表达水平明显上调(P<0.05),RAP1A、TAK1、ZAK表达水平下降,RAP1A、TAK1表达水平下降明显(P<0.05).dbpA可能通过MAPK通路调节结直肠癌细胞的发生.结论 dbpA参与调控的靶基因和信号通路可能为MAPK相关通路,还需要进一步在多细胞和动物实验中研究揭示dbpA下调通路之间的关系及CDC42在结直肠癌发展中的作用.

基因芯片;结直肠癌;DNA结合蛋白A;基因表达;基因本体分析

刘瑞廷;田利飞;王国荣;刘昌;白继蓉;邱健;闫立昆;李小军;王小强

陕西省人民医院普外一科,西安 710068;西安交通大学第一附属医院肝胆外科,西安 710068;美国石溪大学医学中心病理科,纽约 11777

重庆医学

[1]刘瑞廷;田利飞;王国荣;刘昌;白继蓉;邱健;闫立昆;李小军;王小强-.基于芯片技术探讨结直肠癌中沉默DNA结合蛋白A的基因表达谱分析)[J].重庆医学,2022(13):2166-2171

dbpA,CFL2,C12orf39,SESN2,VLDVR,PRDM10,SRSF8,FGFBP1,EHHADH,WDR77,PDGFA,FGF18,CSDA,LAMTOR3,PRAS2,KMAPK,RAPIA,ZAK

技术探讨,结合蛋白,基因表达谱,表达谱分析,基因芯片技术,短发,发夹,结直肠癌细胞,京都基因与基因组百科全书,SW620,表达差异,深度检测,差异基因,反转录聚合酶链反应,功能富集分析,通路分析,敲低,芯片检测,差异表达基因,EREG,CXCL3,CXCL1,DDIT4,INH,BE,PCDH19,TFF2,MTDH,TCF7,CEACAM6,敲除,肿瘤形成,生物过程,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,NOD,样受体,趋化因子,粘着,基底细胞癌,Wnt,网络图,基因表达水平,FASLG,MAP3K7,FGF3,NF1,RAP1A,HSPA1A,DUSP5,CDC42,DUSP2,TAK1,blot,节结,靶基因,相关通路,多细胞,动物实验,中研,基因本体分析

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