典型文献
云南樟叶绿体基因组密码子偏好性分析
文献摘要：
[目的]为明确云南樟叶绿体基因组密码子使用模式及其成因,确定最优密码子并为其遗传改良提供理论基础.[方法]利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP等对云南樟叶绿体基因组中的52条基因编码子序列密码进行分析.[结果]云南樟的ENC值在36.82～57.85之间,表明云南樟叶绿体基因组的密码子偏好性较弱.密码子不同位置上的GC含量表现为GC1(47.61％)>GC2(40.28％)>GC3(30.67％),且RSCU>1的密码子有31个,其中有29个以A或U结尾,表明密码子偏好以A或U结尾.中性绘图分析结果显示,GC12与GC3的相关系数为0.040,表明两者相关性不显著.ENC-plot分析表明,基因ENC比值大多数分布在-0.05～0.05区间外,即大部分基因ENC值与预期值差距较大.说明密码子偏好性更多受到选择的影响.PR2-plot分析表明,云南樟叶绿体基因组中的绝大多数基因分布在PR2图的中心点偏右下位置,说明选择是云南樟叶绿体基因组密码子偏好性的关键影响因素.通过构建高低基因表达库,结合高频及高表达密码子最终确定云南樟叶绿体基因组最优密码子12个,分别为,UUA、UCU、ACA、UAU、GCU、UAG、CAA、AAA、GAU、GAA、CGA、AGA,其中,11个以A或U结尾.[结论]云南樟叶绿体基因组的密码子偏好性比较弱,偏好以A或U结尾的密码子.密码子的使用偏好性主要受到选择的影响.研究结果可为云南樟叶绿体基因工程、种源鉴定提供科学依据.
文献关键词：
云南樟;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子
中图分类号：
作者姓名：
肖明昆;严炜;熊贤坤;沈绍斌;宋记明;易怀锋;张林辉
作者机构：
云南省农业科学院 热带亚热带经济作物研究所,云南 保山 678000
文献出处：
引用格式：
[1]肖明昆;严炜;熊贤坤;沈绍斌;宋记明;易怀锋;张林辉-.云南樟叶绿体基因组密码子偏好性分析)[J].中南林业科技大学学报,2022(06):127-134
A类：
云南樟
B类：
樟叶,叶绿体基因组,密码子偏好性,偏好性分析,使用模式,最优密码子,遗传改良,CodonW,CUSP,基因编码,子序列,序列密码,ENC,不同位置,GC2,GC3,RSCU,结尾,绘图,GC12,plot,预期值,PR2,基因分布,中心点,偏右,右下,下位,关键影响因素,UUA,UCU,ACA,UAU,GCU,UAG,CAA,AAA,GAU,GAA,CGA,AGA,使用偏好性,叶绿体基因工程,种源
AB值：
0.238052
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