典型文献
苦马豆叶绿体基因组密码子偏好性分析
文献摘要：
为确定苦马豆叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W 1.4.2、CUSP、Chips等软件,对苦马豆叶绿体基因组中可编码蛋白质基因的密码子偏好性进行分析.结果表明,密码子第3位GC含量最低,为27.14％,29个RSCU>1的密码子中28个以A、U结尾,苦马豆叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾.有效密码子数ENC平均值为47.110,密码子偏好性较弱.GC1、GC2与GC3无相关性,ENC与GC3相关性显著,GC3对密码子的偏好性存在影响.中性绘图分析和PR2-plot图分析表明,密码子偏好性主要受到选择因素的影响,而ENC-plot绘图分析发现,密码子偏好性还受到突变因素的影响.最终通过构建高低基因表达库,得到GAA、CGA、UUG、GUU、AUU、UCA、CAU、CAA、CCA、ACU、GCU、UUA、UAU、AAA、GAU、GGU 16个最优密码子.研究结果对苦马豆资源的开发和利用具有重要意义.
文献关键词：
叶绿体基因组;苦马豆;密码子偏好性;最优密码子
中图分类号：
作者姓名：
梁湘兰;郭松
作者机构：
广西科技师范学院 食品与生化工程学院,广西 来宾 546199;广西科技师范学院 特色瑶药资源研究与开发重点实验室,广西 来宾 546199
文献出处：
引用格式：
[1]梁湘兰;郭松-.苦马豆叶绿体基因组密码子偏好性分析)[J].西北林学院学报,2022(02):121-126
A类：
B类：
苦马豆,豆叶,叶绿体基因组,密码子偏好性,偏好性分析,使用模式,Codon,CUSP,Chips,可编,编码蛋白,RSCU,结尾,有效密码子数,ENC,GC1,GC2,GC3,无相,绘图,PR2,plot,变因,GAA,CGA,UUG,GUU,AUU,UCA,CAU,CAA,CCA,ACU,GCU,UUA,UAU,AAA,GAU,GGU,最优密码子,开发和利用
AB值：
0.325915
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