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紫九牛叶绿体基因组密码子偏好性分析
文献摘要：
为确定瑶药紫九牛叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,该研究以紫九牛叶绿体基因组50条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP和Chips分析其密码子偏好性.结果表明:(1)RSCU>1的密码子有29个,其中有28个以A/U结尾,说明叶绿体基因组的同义密码子中偏好以A/U结尾.(2)紫九牛叶绿体基因组密码子的GC含量GC1(47.38％)>GC2(39.81％)>GC3(29.60％),ENC值大于45的有40个,说明紫九牛叶绿体基因组存在较弱的偏性.(3)中性绘图分析和ENC-plot分析说明了紫九牛叶绿体基因组密码子的偏好性既受到选择的作用,又受到突变因素的影响.(4)通过构建的高低基因表达库最终确定了15个最优密码子,分别为UUG、AUU、GUU、GUA、UCU、CCU、ACU、ACA、GCU、CAA、AAC、GAA、UGU、CGU和GGU.该研究为紫九牛叶绿体基因组的确定以及遗传多样性分析提供了依据.
文献关键词：
紫九牛;叶绿体基因组;密码子;偏好性分析;最优密码子
中图分类号：
作者姓名：
郭松;梁湘兰;黄青青;卢祥;严其伟;张鹏;覃逸明
作者机构：
广西科技师范学院食品与生化工程学院,广西来宾546199;广西科技师范学院特色瑶药资源研究与开发重点实验室,广西来宾546199
文献出处：
引用格式：
[1]郭松;梁湘兰;黄青青;卢祥;严其伟;张鹏;覃逸明-.紫九牛叶绿体基因组密码子偏好性分析)[J].广西植物,2022(08):1426-1432
A类：
B类：
紫九牛,叶绿体基因组,密码子偏好性,偏好性分析,瑶药,使用模式,编码序列,Codon,CUSP,Chips,RSCU,结尾,同义密码子,GC1,GC2,GC3,ENC,绘图,plot,变因,最优密码子,UUG,AUU,GUU,GUA,UCU,CCU,ACU,ACA,GCU,CAA,AAC,GAA,UGU,CGU,GGU,遗传多样性分析
AB值：
0.344015
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