典型文献
薏苡黑粉菌基因组测序揭示其物种分类及适应性进化
文献摘要：
以薏苡黑粉菌病瘿为研究对象,采用固体和液体培养方法对薏苡黑粉菌进行分离纯化培养和形态观察;利用Illumina、Pacbio测序和Hi-C辅助基因组组装技术对黑粉菌进行测序、组装和注释,分析其基因组结构和组成特征.通过与其他6个黑粉菌物种基因组进行比较基因组学研究,分析薏苡黑粉菌的基因家族进化和系统发育关系.在pH7的固体PDA和液体PDB培养基中实现了薏苡黑粉菌的纯化培养,固体培养菌落表现为白色、表面隆起、具褶皱,较湿润且不透明的形态特征.Illumina、Pacbio和Hi-C组装结果显示,薏苡黑粉菌具有20对染色体(2n=40),基因组大小20.093 417 Mb,GC含量53.81％;共预测和注释到7 476个蛋白编码基因和164个非编码基因,占整个基因组长度的61.02％和0.285 3％;查找到3 674个散在重复序列和8 139个串联重复序列,分别占整个基因组长度的2.754 4％和1.605 4％.同源基因家族聚类显示,7个黑粉菌物种Ustilago coicis、U.bromivora、U.may dis、U.hordei、Sporisorium reilianum、S.scitamineum 和 S.graminicola的编码基因被聚类为6 999个基因家族,其中共有基因家族5 379个.薏苡黑粉菌包含5 339个单拷贝基因、105个多拷贝基因、89个特异基因、752个其他基因和188个未分类基因.基因家族进化和系统发育聚类表明,薏苡黑粉菌U.coicis在～60.9 MYA分化出来,与雀麦黑粉菌U.bromivova、大麦坚黑粉菌U.hordei聚为一支,表现为更近的亲缘关系;而玉米黑粉菌U.maydis在-66.6 MYA分化出来与3个孢堆黑粉菌物种S.scitamineum、S.graminicola和S.reilianuim聚为一支.
文献关键词：
黑粉菌;基因组;系统发育;薏苡
中图分类号：
作者姓名：
李祥栋;郑传奇;陆秀娟;潘虹;魏心元;石明;付瑜华;陆平;高爱农;周美亮
作者机构：
黔西南州农业林业科学研究院,贵州兴义562400;贵州省薏苡工程技术研究中心,贵州兴义562400;贵州省亚热带作物研究所,贵州兴义562400;中国农业科学院作物科学研究所,北京100081
文献出处：
引用格式：
[1]李祥栋;郑传奇;陆秀娟;潘虹;魏心元;石明;付瑜华;陆平;高爱农;周美亮-.薏苡黑粉菌基因组测序揭示其物种分类及适应性进化)[J].菌物学报,2022(12):1960-1970
A类：
coicis,bromivora,hordei,reilianum,scitamineum,bromivova,reilianuim
B类：
薏苡,黑粉菌,基因组测序,物种分类,适应性进化,液体培养,培养方法,分离纯化,形态观察,Illumina,Pacbio,Hi,基因组组装,组装技术,基因组结构,组成特征,菌物,比较基因组学,组学研究,基因家族,家族进化,系统发育关系,pH7,PDA,PDB,固体培养,养菌,菌落,隆起,褶皱,湿润,2n,基因组大小,Mb,蛋白编码,非编码基因,组长,散在重复序列,串联重复序列,同源基因,Ustilago,Sporisorium,graminicola,菌包,多拷贝基因,异基因,未分类,MYA,雀麦,大麦,亲缘关系,maydis
AB值：
0.295096
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