典型文献
艾氏蛇鳗线粒体基因组全序列结构分析和系统发育关系探讨
文献摘要：
本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析.结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759 bp,包含了 13个蛋白编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)、2个控制区(D-loop)和1个轻链复制起始区(OL).线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A(31.27％)、G(16.19％)、C(26.22％)和T(26.32％),其中A+T含量(57.59％)大于G+C含量(42.41％),呈现出明显的A+T偏好性.与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区.tRNA-Gln(Q)、tRNA-Ala(A)、tRNA-Asn(N)、tRNA-Cys(C)、tRNA-Tyr(Y)、tRNA-SerUCA(S1)、tRNA-Glu(E)、tRNA-Pro(P)和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链.除tRNA-Ser(AGC)外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构.分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因(ND6除外)构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树.结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗(O.brevicaudatus)和食蟹豆齿蛇鳗(Pisodonophis cancrivorus)的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群.研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料.
文献关键词：
艾氏蛇鳗;高通量测序;线粒体基因组;系统发育分析
中图分类号：
作者姓名：
宁子君;刘玉萍;张书飞;高天翔;杨天燕
作者机构：
浙江海洋大学水产学院,浙江舟山316022;中国水产科学研究院南海水产研究所,广东省渔业生态环境重点实验室,广东广州510300
文献出处：
引用格式：
[1]宁子君;刘玉萍;张书飞;高天翔;杨天燕-.艾氏蛇鳗线粒体基因组全序列结构分析和系统发育关系探讨)[J].中国水产科学,2022(09):1264-1276
A类：
艾氏蛇鳗,Ophichthus,evermanni,SerUCA,Pisodonophis,cancrivorus
B类：
线粒体基因组,全序,序列结构,系统发育关系,关系探讨,高通量测序技术,技术获得,基因组全长,bp,蛋白编码,编码基因,PCGs,tRNA,核糖体,rRNA,控制区,loop,轻链,OL,碱基组成,A+T,G+C,偏好性,硬骨鱼类,基因重排,ND6,Glu,Thr,Pro,Gln,Ala,Asn,Cys,Tyr,S1,AGC,三叶草,二级结构,邻接,接法,最大似然法,除外,短尾,brevicaudatus,亲缘关系,类群,基因组数据,系统分类,分类研究,参考资料,系统发育分析
AB值：
0.330037
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