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基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装
文献摘要：
香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性.为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础.以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术构建及组装香瓜茄全基因组数据库.利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装、功能注释以及进化分析研究.结果表明,获得54.11 Gb Illumina HiSeq数据;获得55.08 Gb PacBio数据,reads平均长度为14179 bp;获得Hi-C数据量约143 Gb;拼接得到该基因组contig序列总长为1.16 Gb,Hi-C纠错后contig N50为22.63 Mb;Hi-C挂载染色体,共有1.12 Gb长度的序列可以挂载到12条染色体上,占比97.16％;其中,能够确定顺序和方向的序列长度为1.08 Gb,占定位染色体序列总长度的96.11％,得到基因组大小1.25 Gb;预测有64.22％的重复序列,41571个基因,99.06％的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中;预测得到4360个tRNA、5677个rRNA、154个miRNA;得到449个假基因.香瓜茄与马铃薯的进化时间大约在12.82 MYA.
文献关键词：
香瓜茄;基因组;PacBio三代测序技术;基因注释
中图分类号：
作者姓名：
司诚;钟启文;杨世鹏
作者机构：
青海大学农林科学院青海省蔬菜遗传与生理重点实验室,西宁 810016;青海大学农牧学院,西宁 810016
文献出处：
引用格式：
[1]司诚;钟启文;杨世鹏-.基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装)[J].生物技术通报,2022(09):180-190
A类：
B类：
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AB值：
0.352367
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